haku: @keyword SAGE / yhteensä: 5
hakutulos-lista
viite: 2 / 5
« edellinen | seuraava »
Tekijä:Kalsi, Petri
Työn nimi:Multiple Matching of Biological Patterns
Julkaisutyyppi:Diplomityö
Julkaisuvuosi:2007
Sivut:xi+59      Kieli:   eng
Koulu/Laitos/Osasto:Tietotekniikan osasto
Oppiaine:Ohjelmistotekniikka   (T-106)
Valvoja:Tarhio, Jorma
Ohjaaja:Tarhio, Jorma
OEVS:
Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje
sulje

Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossa

Oppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa.

Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/

Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.

Kirjautuminen asiakaskoneille

  • Aalto-yliopistolaiset kirjautuvat asiakaskoneille Aalto-tunnuksella ja salasanalla.
  • Muut asiakkaat kirjautuvat asiakaskoneille yhteistunnuksilla.

Opinnäytteen avaaminen

  • Asiakaskoneiden työpöydältä löytyy kuvake:

    Aalto Thesis Database

  • Kuvaketta klikkaamalla pääset hakemaan ja avaamaan etsimäsi opinnäytteen Aaltodoc-tietokannasta. Opinnäytetiedosto löytyy klikkaamalla viitetietojen OEV- tai OEVS-kentän linkkiä.

Opinnäytteen lukeminen

  • Opinnäytettä voi lukea asiakaskoneen ruudulta tai sen voi tulostaa paperille.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi tallentaa muistitikulle tai lähettää sähköpostilla.
  • Opinnäytetiedoston sisältöä ei voi kopioida.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi muokata.

Opinnäytteen tulostus

  • Opinnäytteen voi tulostaa itselleen henkilökohtaiseen opiskelu- ja tutkimuskäyttöön.
  • Aalto-yliopiston opiskelijat ja henkilökunta voivat tulostaa mustavalkotulosteita Oppimiskeskuksen SecurePrint-laitteille, kun tietokoneelle kirjaudutaan omilla Aalto-tunnuksilla. Väritulostus on mahdollista asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Väritulostaminen on maksullista Aalto-yliopiston opiskelijoille ja henkilökunnalle.
  • Ulkopuoliset asiakkaat voivat tulostaa mustavalko- ja väritulosteita Oppimiskeskuksen asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Tulostaminen on maksullista.
Sijainti:P1 Ark Aalto  7624   | Arkisto
Avainsanat:SAGE
DNA
multiple pattern matching
local alignment

SAGE
DNA
paikallinen rinnastus
hahmonsovitus
Tiivistelmä (eng): Local alignment of DNA sequences is a common problem in biological computing, with many known solutions and popular implementations.
Similarly, the general problem of multiple pattern matching is one of the basic problems in string algorithm research.

In this thesis common local alignment tools are benchmarked against multiple pattern matching tools designed and implemented at Helsinki University of Technology.
The considered problems are matching general DNA patterns obtained from mouse and human chromosomes against the mouse DNA, and the special case with SAGE tags, where the pattern set consists of sequences with the same prefix.

Local alignment tools prove to be a competitive option for exact pattern matching with some restrictions.
All matches are not guaranteed to be found, and some approximate matches are usually among the results, but they can be filtered from the output of most algorithms.
In the end, specialised exact pattern matching tools are the best solution from a purely technical viewpoint, based on their performance and accuracy.
ED:2007-04-30
INSSI tietueen numero: 33740
+ lisää koriin
« edellinen | seuraava »
INSSI