haku: @instructor Lähdesmäki, Harri / yhteensä: 14
hakutulos-lista
viite: 4 / 14
« edellinen | seuraava »
Tekijä:Somani, Juhi
Työn nimi:Identifying Associations Between Host Genotype and Gut Microbiota Using Statistical and Computational Models
Julkaisutyyppi:Diplomityö
Julkaisuvuosi:2013
Sivut:viii + 100      Kieli:   eng
Koulu/Laitos/Osasto:Sähkötekniikan korkeakoulu
Oppiaine:Informaatiotekniikka   (T-61)
Valvoja:Lähdesmäki, Harri
Ohjaaja:Lähdesmäki, Harri
Elektroninen julkaisu: http://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-201401101084
OEVS:
Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje
sulje

Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossa

Oppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa.

Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/

Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.

Kirjautuminen asiakaskoneille

  • Aalto-yliopistolaiset kirjautuvat asiakaskoneille Aalto-tunnuksella ja salasanalla.
  • Muut asiakkaat kirjautuvat asiakaskoneille yhteistunnuksilla.

Opinnäytteen avaaminen

  • Asiakaskoneiden työpöydältä löytyy kuvake:

    Aalto Thesis Database

  • Kuvaketta klikkaamalla pääset hakemaan ja avaamaan etsimäsi opinnäytteen Aaltodoc-tietokannasta. Opinnäytetiedosto löytyy klikkaamalla viitetietojen OEV- tai OEVS-kentän linkkiä.

Opinnäytteen lukeminen

  • Opinnäytettä voi lukea asiakaskoneen ruudulta tai sen voi tulostaa paperille.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi tallentaa muistitikulle tai lähettää sähköpostilla.
  • Opinnäytetiedoston sisältöä ei voi kopioida.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi muokata.

Opinnäytteen tulostus

  • Opinnäytteen voi tulostaa itselleen henkilökohtaiseen opiskelu- ja tutkimuskäyttöön.
  • Aalto-yliopiston opiskelijat ja henkilökunta voivat tulostaa mustavalkotulosteita Oppimiskeskuksen SecurePrint-laitteille, kun tietokoneelle kirjaudutaan omilla Aalto-tunnuksilla. Väritulostus on mahdollista asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Väritulostaminen on maksullista Aalto-yliopiston opiskelijoille ja henkilökunnalle.
  • Ulkopuoliset asiakkaat voivat tulostaa mustavalko- ja väritulosteita Oppimiskeskuksen asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Tulostaminen on maksullista.
Sijainti:P1 Ark Aalto  1138   | Arkisto
Avainsanat:bioinformatics
metagenomics
associations
host genotype
gut microbiota
Tiivistelmä (eng):The human gut microbiota is highly variable from one person to another, but many studies have been conducted to examine as to what extent host genetics control the composition.
Understanding how the gut microbiota is assembled and associated to the host genotype can be relevant in the treatment of chronic complex diseases, such as inflammatory bowel disease (IBD) and diabetes.
Analyses through candidate gene approaches, where one gene is deleted from or added to a model host organism, have shown tremendous effect of a single host gene on the diversity and population structure of the gut microbiota.
In contrast to the candidate gene approach, the aim of this study is to assess these genotypic associations on a large-scale in human.
For 71 healthy Finnish individuals, the host genomics (from blood derived DNA) was analyzed using the Illumina Immunochip SNP genotyping platform.
The bacterial composition of the gut (from faecal samples) was extracted applying barcoded pyrosequencing to the V1-V3 region of 16s RNA genes and binned into operational taxonomic units (OTUs).
To find associations between the host genotype and its corresponding gut bacterial composition, various statistical and computational techniques were employed.
In particular, random forests, pair-wise linear regression modeling and one-way analysis of variance (ANOVA) were opted for.
Furthermore, several dimension reduction methods such as principal component analysis (PCA), diversity indices and haplotypic blocking, were adopted to reduce dependencies and noise within both the genotype as well as bacterial data.
By applying the diverse set of tools, a number of SNPs from host genotype were found to be at least weakly associated to the gut microbiota.
These so-called 'associative' SNPs were subsequently mapped to their closest genes and then carried through pathway and gene ontology enrichment analysis by adjusting the reference gene set according to the design of the Immunochip.
As a result, the detected pathways and ontologies, which were either strongly or weakly enriched include, among others, immune response, activation, differentiation and proliferation of T cells, lymphocytes, leukocytes, and a few other key players of the immune system.
ED:2014-01-19
INSSI tietueen numero: 48418
+ lisää koriin
« edellinen | seuraava »
INSSI