haku: @keyword hahmontunnistus / yhteensä: 34
hakutulos-lista
viite: 6 / 34
« edellinen | seuraava »
Tekijä:Uurtio, Viivi
Työn nimi:Computational Analysis of Deep Bedrock Bacterial Communities
Syvän peruskallion bakteeriyhteisöjen karakterisointia laskennallisin menetelmin
Julkaisutyyppi:Diplomityö
Julkaisuvuosi:2014
Sivut:vii + 70 s. + liitt. 42      Kieli:   eng
Koulu/Laitos/Osasto:Sähkötekniikan korkeakoulu
Oppiaine:Laskennallinen ja kognitiivinen biotiede   (IL3003)
Valvoja:Rousu, Juho
Ohjaaja:Bomberg, Malin
Elektroninen julkaisu: http://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-201404181702
OEVS:
Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje
sulje

Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossa

Oppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa.

Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/

Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.

Kirjautuminen asiakaskoneille

  • Aalto-yliopistolaiset kirjautuvat asiakaskoneille Aalto-tunnuksella ja salasanalla.
  • Muut asiakkaat kirjautuvat asiakaskoneille yhteistunnuksilla.

Opinnäytteen avaaminen

  • Asiakaskoneiden työpöydältä löytyy kuvake:

    Aalto Thesis Database

  • Kuvaketta klikkaamalla pääset hakemaan ja avaamaan etsimäsi opinnäytteen Aaltodoc-tietokannasta. Opinnäytetiedosto löytyy klikkaamalla viitetietojen OEV- tai OEVS-kentän linkkiä.

Opinnäytteen lukeminen

  • Opinnäytettä voi lukea asiakaskoneen ruudulta tai sen voi tulostaa paperille.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi tallentaa muistitikulle tai lähettää sähköpostilla.
  • Opinnäytetiedoston sisältöä ei voi kopioida.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi muokata.

Opinnäytteen tulostus

  • Opinnäytteen voi tulostaa itselleen henkilökohtaiseen opiskelu- ja tutkimuskäyttöön.
  • Aalto-yliopiston opiskelijat ja henkilökunta voivat tulostaa mustavalkotulosteita Oppimiskeskuksen SecurePrint-laitteille, kun tietokoneelle kirjaudutaan omilla Aalto-tunnuksilla. Väritulostus on mahdollista asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Väritulostaminen on maksullista Aalto-yliopiston opiskelijoille ja henkilökunnalle.
  • Ulkopuoliset asiakkaat voivat tulostaa mustavalko- ja väritulosteita Oppimiskeskuksen asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Tulostaminen on maksullista.
Sijainti:P1 Ark Aalto  1010   | Arkisto
Avainsanat:metagenome
deep bedrock aquifer
multivariate data analysis
kernel methods
optimization
correlation
dimensionality reduction
feature extraction
metagenomi
syvän peruskallion pohjavesikerros
monimuuttuja-analyysi
ydinfunktio-menetelmät
optimointi
korrelaatio
dimension redusointi
hahmontunnistus
Tiivistelmä (fin):Metagenomiikan tieteenalalla tutkitaan, miten tietyn ympäristön parametrit liittyvät siinä eläviin mikrobiyhteisöihin.
Laskennallisesti tavoitteena on käsitellä metagenomista dataa siten, että siitä louhitut osajoukot korreloivat mikrobiyhteisöjen elinympäristöstä saatujen mittauksien kanssa.
Tässä työssä louhittiin kahden eri metagenomisen, syvän peruskallion pohjavesikerroksista saadun, datajoukon korrelaatiorakennetta vertailemalla pääkomponenttianalyysiä (PCA) ydinfunktio-menetelmällä laajennetun (KCCA) ja asymmetrisen harvan kanonisen korrelaatioanalyysin (SCCA) kanssa.
Menetelmiä vertailtiin korrelaatio- ja pistearvokuvaajilla, joita ei ole aikaisemmin sovellettu KCCA- tai SCCA-analyyseihin.
Lisäksi SCCA-analyysin projektioiden kanonista korrelaatiota maksimoitiin parametrien optimoinnilla.
Monimuuttujamenetelmien tuloksia vertailtiin Pearsonin lineaaristen korrelaatiokerrointen kanssa.
Tässä työssä keskityttiin siihen, miten sulfaattia pelkistävät bakteeriyhteisöt vuorovaikuttavat elinympäristöstä saatujen geokemiallisten mittauksien kanssa.
Sulfaatin pelkistäjät korreloivat odotetusti sulfaatin ja rikin kokonaismäärän kanssa.
Tämän lisäksi sulfaatin pelkistäjät korreloivat pohjaveden suolaisuuden kanssa.
Laskennallisesta näkökulmasta katsottuna SCCA oli menetelmistä stabiilein ja käyvin.
Eri projektiosuuntien kanonisten korrelaatioiden vaihtelu korostui SCCA-analyysin parametrien optimoinnissa.
Tässä työssä esitettyä tapaa visualisoida monimuuttujamenetelmien tuloksia voidaan hyödyntää myös muihinkin projektioihin perustuviin menetelmiin.
Tiivistelmä (eng):In the field of metagenomics, the aim is to relate characteristic environmental parameters to the microbial communities inhabiting the study site.
In a computational framework, the objective is to extract subsets of features in metagenomic data that correlate with measurements obtained from the living environment of the microbial communities.
We compared projection-based multivariate methods, principal component analysis (PCA), kernel canonical correlation analysis (KCCA) and asymmetrical sparse canonical correlation analysis (SCCA), by means of correlation and score plots, in order to assess the capability of each method to reveal the underlying correlation structure of two different metagenomic data sets originating from deep bedrock drill holes.
This approach is novel in the sense that correlation and score plots have not yet been applied to the visualization of KCCA and SCCA results.
We also integrated parameter optimization in SCCA in order to further maximize the correlation of the projections.
As a basis of comparison, we computed Pearson's correlation coefficient among the two sets of features.
From a microbiological perspective, we concentrated on the interactions of sulfate reducing bacteria with the geochemical measurements.
In addition to the expected positive correlations with sulfate and total amount of sulfur, we discovered positive correlations among salinity and sulfate reducers.
From a computational perspective, we demonstrated the feasibility and stability of SCCA in the extraction of highly correlating features from two co-dependent data sets in comparison to Pearson's correlation coefficient, PCA and KCCA.
The results of the parameter optimization in SCCA emphasized the importance of selection of projection directions in terms of correlation.
The presented framework of visualizing and selecting the projection directions can also be extended to other multivariate projection-based methods.
ED:2014-04-20
INSSI tietueen numero: 48899
+ lisää koriin
« edellinen | seuraava »
INSSI