haku: @keyword Dirichlet-multinomial / yhteensä: 1
hakutulos-lista
viite: 1 / 1
« edellinen | seuraava »
Tekijä:Eraslan, Gokcen
Työn nimi:A Dirichlet-Multinomial Mixture Model For Clustering Heterogeneous Epigenomics Data
Julkaisutyyppi:Diplomityö
Julkaisuvuosi:2014
Sivut:vi + 55 s. + liitt. 17      Kieli:   eng
Koulu/Laitos/Osasto:Perustieteiden korkeakoulu
Oppiaine:Computational Systems Biology   (IL3013)
Valvoja:Lähdesmäki, Harri ; Lagergren, Jens
Ohjaaja:Osmala, Maria
Elektroninen julkaisu: http://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-201410062747
OEVS:
Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje
sulje

Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossa

Oppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa.

Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/

Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.

Kirjautuminen asiakaskoneille

  • Aalto-yliopistolaiset kirjautuvat asiakaskoneille Aalto-tunnuksella ja salasanalla.
  • Muut asiakkaat kirjautuvat asiakaskoneille yhteistunnuksilla.

Opinnäytteen avaaminen

  • Asiakaskoneiden työpöydältä löytyy kuvake:

    Aalto Thesis Database

  • Kuvaketta klikkaamalla pääset hakemaan ja avaamaan etsimäsi opinnäytteen Aaltodoc-tietokannasta. Opinnäytetiedosto löytyy klikkaamalla viitetietojen OEV- tai OEVS-kentän linkkiä.

Opinnäytteen lukeminen

  • Opinnäytettä voi lukea asiakaskoneen ruudulta tai sen voi tulostaa paperille.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi tallentaa muistitikulle tai lähettää sähköpostilla.
  • Opinnäytetiedoston sisältöä ei voi kopioida.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi muokata.

Opinnäytteen tulostus

  • Opinnäytteen voi tulostaa itselleen henkilökohtaiseen opiskelu- ja tutkimuskäyttöön.
  • Aalto-yliopiston opiskelijat ja henkilökunta voivat tulostaa mustavalkotulosteita Oppimiskeskuksen SecurePrint-laitteille, kun tietokoneelle kirjaudutaan omilla Aalto-tunnuksilla. Väritulostus on mahdollista asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Väritulostaminen on maksullista Aalto-yliopiston opiskelijoille ja henkilökunnalle.
  • Ulkopuoliset asiakkaat voivat tulostaa mustavalko- ja väritulosteita Oppimiskeskuksen asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Tulostaminen on maksullista.
Sijainti:P1 Ark Aalto  1730   | Arkisto
Avainsanat:chromatin
enhancers
promoters
multi-view clustering
histone modifications
epigenomics
generative models
Dirichlet-multinomial
mixture model
Tiivistelmä (eng):Epigenetic information sheds light on essential biological mechanisms including the regulation of gene expression.
Among the major epigenetic mechanisms are histone tail modifications which can be utilized to identify cis-regulatory elements such as promoters and enhancers.
Nucleosome positions and open chromatin regions are other key elements of the epigenomic landscape.

Thanks to the advances in high-throughput sequencing technologies, comprehensive genome-wide analyses of epigenetic signatures are possible at present.
Despite the growing number of epigenetic datasets, the tools to discover novel patterns and combinatorial presence of epigenetic elements are still needed.
In this thesis, we introduce a model-based clustering approach that uncovers epigenetic patterns by integrating multiple data tracks in a multi-view fashion where different views correspond to different epigenetic signals extracted from the same genomic location.
Moreover, to address the inaccuracy of the positions of anchor points, such as TF ChIP-seq peak summits or TSS, a profile shifting feature is implemented.
Finally, owing to the hyperprior regularization, our approach can also account for the correlation between the number of reads mapped to consecutive base pair positions.

We demonstrate that the genome-wide clustering of promoter and enhancer regions in human genome reveals distinct patterns in various histone modification and transcription factor ChIP-seq profiles.
Furthermore, TFBS enrichment in different classes of enhancers and promoters that are identified by our method is investigated which shows that some transcription factors are significantly enriched in a subset of enhancer and promoter clusters.
ED:2014-10-05
INSSI tietueen numero: 49807
+ lisää koriin
« edellinen | seuraava »
INSSI