haku: @keyword systems biology / yhteensä: 12
viite: 7 / 12
Tekijä: | Hallivuori, Leena |
Työn nimi: | Creating Tools to Import and Edit Biological Systems Data |
Työkalujen luominen systeemibiologisen datan siirtämiseen ja muokkaamiseen | |
Julkaisutyyppi: | Diplomityö |
Julkaisuvuosi: | 2006 |
Sivut: | 85 Kieli: eng |
Koulu/Laitos/Osasto: | Tietotekniikan osasto |
Oppiaine: | Laskennallinen tekniikka (S-114) |
Valvoja: | Kaski, Kimmo |
Ohjaaja: | Törmä, Anssi |
OEVS: | Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossaOppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa. Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/ Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.
Kirjautuminen asiakaskoneille
Opinnäytteen avaaminen
Opinnäytteen lukeminen
Opinnäytteen tulostus
|
Sijainti: | P1 Ark Aalto | Arkisto |
Avainsanat: | systems biology tools databases integration simulation systeemibiologia työkalut tietokannat yhdistäminen simulointi |
Tiivistelmä (fin): | Tässä diplomityössä käsitellään malleja, ohjelmia ja tietokantoja systeemibiologiassa. Tämä diplomityö koostuu kirjallisuuskatsauksesta ja toteutusosasta. Kirjallisuuskatsauksessa esitetään tarpeellinen taustatieto systeemibiologiasta ja niistä haasteista, jotka mallien esitys ja käyttö aiheuttavat. Kirjallisuusosassa pohditaan systeemibiologiaa tieteenalana ja alan erikoispiirteitä. Lisäksi mietitään, miten systeemibiologisia malleja esitetään tällä hetkellä ja miten ne pitäisi esittää. Valittu joukko työkaluja, joita voidaan käyttää mallien saamiseksi esitellään. Lisäksi tutustutaan muutamaan tietokantaan, joissa säilytetään ja jaetaan systeemibiologian malleja. Toteutusosassa käsitellään kolmea tietokoneohjelmaa, jotka on toteutettu tämän diplomityön puitteissa käytettäviksi systeemibiologisen datan siirtämiseen ja muokkaamiseen. Integrator, ohjelmisto systeemibiologian tutkimukseen, on huomion kohteena. Tämän diplomityön puitteissa Integraattoriin luotiin kolme uutta tietokoneohjelmaa. Nämä ovat Systems Biology Markup Language (SBML)-parseri, jolla voidaan tuoda systeemibiologian malleja Integrator ympäristöön, Kineettisten lakien muokkaaja, jolla voidaan muunnella malleja tehokkaasti ja käyttäjän kannalta helpommin sekä Datasettien muokkaaja simulaatioiden alkuarvojen asettamiseen ja tulosten tulkintaan. Kaksi Mitogen Activated Protein Kinase (MAPK)-kaskadi mallin simulaatiota replikoidaan käyttämällä SBML-formaatissa olevaa mallia, joka on haettu BioModels tietokannasta. Malli tuodaan Integrator ympäristöön SMBL-parserilla. Kineettisten lakien muokkaajaa käytetään mallin muuntelemiseen simulaatioiden välissä. Datasettien muokkaajaa käytetään alkuarvojen asettamiseen ja tulosten näkemiseen. |
ED: | 2006-09-12 |
INSSI tietueen numero: 32371
+ lisää koriin
INSSI