haku: @keyword systems biology / yhteensä: 12
hakutulos-lista
viite: 3 / 12
« edellinen | seuraava »
Tekijä:Facciotto, Chiara
Työn nimi:MethylFlow - A Novel Pipeline for Preprocessing and Analysis of Bisulfite Sequencing DNA ethylation Data
Julkaisutyyppi:Diplomityö
Julkaisuvuosi:2013
Sivut:(10) + 64      Kieli:   eng
Koulu/Laitos/Osasto:Perustieteiden korkeakoulu
Oppiaine:Informaatiotekniikka   (T-61)
Valvoja:Lähdesmäki, Harri
Ohjaaja:Hautaniemi, Sampsa ; Ovaska, Kristian
OEVS:
Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje
sulje

Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossa

Oppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa.

Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/

Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.

Kirjautuminen asiakaskoneille

  • Aalto-yliopistolaiset kirjautuvat asiakaskoneille Aalto-tunnuksella ja salasanalla.
  • Muut asiakkaat kirjautuvat asiakaskoneille yhteistunnuksilla.

Opinnäytteen avaaminen

  • Asiakaskoneiden työpöydältä löytyy kuvake:

    Aalto Thesis Database

  • Kuvaketta klikkaamalla pääset hakemaan ja avaamaan etsimäsi opinnäytteen Aaltodoc-tietokannasta. Opinnäytetiedosto löytyy klikkaamalla viitetietojen OEV- tai OEVS-kentän linkkiä.

Opinnäytteen lukeminen

  • Opinnäytettä voi lukea asiakaskoneen ruudulta tai sen voi tulostaa paperille.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi tallentaa muistitikulle tai lähettää sähköpostilla.
  • Opinnäytetiedoston sisältöä ei voi kopioida.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi muokata.

Opinnäytteen tulostus

  • Opinnäytteen voi tulostaa itselleen henkilökohtaiseen opiskelu- ja tutkimuskäyttöön.
  • Aalto-yliopiston opiskelijat ja henkilökunta voivat tulostaa mustavalkotulosteita Oppimiskeskuksen SecurePrint-laitteille, kun tietokoneelle kirjaudutaan omilla Aalto-tunnuksilla. Väritulostus on mahdollista asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Väritulostaminen on maksullista Aalto-yliopiston opiskelijoille ja henkilökunnalle.
  • Ulkopuoliset asiakkaat voivat tulostaa mustavalko- ja väritulosteita Oppimiskeskuksen asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Tulostaminen on maksullista.
Sijainti:P1 Ark Aalto     | Arkisto
Avainsanat:DNA methylation
bisulfite sequencing
cancer
pipeline
bioinformatics
systems biology
Tiivistelmä (eng): DNA methylation is one of the key epigenetic mechanisms through which gene expression is regulated.
This epigenetic mark typically occurs when a methyl group is added to cytosine nucleotides in DNA, which leads to modification of the 3-dimensional structure of the DNA molecule without changes in the underlying DNA sequence.

Alterations of DNA methylation patterns have been linked to several diseases including cancer.
Next-generation sequencing technology combined with bisulfite treatment, called Bisulfite Sequencing, and has become the most promising tools in the field.

This thesis focuses on development and implementation of a novel pipeline, MethylFlow, for pre-processing and methylation analysis of Whole-Genome and Reduced Representation Bisulfite Sequencing data.
Raw data are first filtered based on their quality in order to discard unreliable information, and then further analysed in order to identify differences and similarities among methylomes.
MethylFlow combines several existing software, as well as self-made scripts, and links them together through an open source component-based workflow framework called Anduril.

MethylFlow was used in the analysis of RRBS data obtained from four patients affected by Diffuse Large B-Cell Lymphoma, an aggressive type of blood cancer.
All four patients, after an initial positive response to treatment, underwent relapse.
DNA methylation samples were obtained from both primary and relapse tumors and then compared in order to link DNA methylation changes to differential gene expression.
ED:2014-01-08
INSSI tietueen numero: 48302
+ lisää koriin
« edellinen | seuraava »
INSSI