haku: @supervisor Nordström, Katrina / yhteensä: 194
viite: 16 / 194
| Tekijä: | Rostela, Tea |
| Työn nimi: | Developing duplex Yersinia assay for Strand Invasion Based Amplification (SIBA®) technology |
| Duplex Yersinia testin kehittäminen Strand Invasion Based Amplification (SIBA®) teknologialle | |
| Julkaisutyyppi: | Diplomityö |
| Julkaisuvuosi: | 2015 |
| Sivut: | xi + 134 Kieli: fin |
| Koulu/Laitos/Osasto: | Kemian tekniikan korkeakoulu |
| Oppiaine: | Biotekniikka ja elintarviketekniikka (KE3002) |
| Valvoja: | Nordström, Katrina |
| Ohjaaja: | Saharinen, Juha |
| Elektroninen julkaisu: | http://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-201506303439 |
| Sijainti: | P1 Ark Aalto 2931 | Arkisto |
| Avainsanat: | oligoscreening isothermal amplification Yersinia virF SIBA oligo seulonta isotermaalinen monistaminen |
| Tiivistelmä (fin): | Yersinia on yksi pääasiallisista bakteeriripulin aiheuttajista Suomessa Salmonellan ja Kampylobakteerin ohella. Infektiot voivat olla oireettomia, mutta ne voivat aiheuttaa myös vakavia infektioita ja immunologisia komplikaatioita. Tässä työssä kehitettiin uutta isotermaalista SIBA® teknologiaa hyödyntävä Yersinia testi, joka tunnistaa enteropatogeeniset Yersinia lajit. Työn tavoitteena oli kehittää herkkä ja nopea Yersinia SIBA® testi käyttäen uudenlaista oligo seulonta (oligo screening) protokollaa. Toisena tavoitteena oli saada työssä kehitetty Yersinia testi toimimaan yhdessä sisäisen monistuskontrollin kanssa. Säätelygeeni virF valittiin kohdegeeniksi, sillä sen sekvenssi on hyvin samanlainen Y. enterocolitica ja Y.pseudotuberculosis kannoilla. Työssä suunniteltiin ja seulottiin oligot virF-geeniin perustuvalle testille. Seulonta tehtiin vääriä positiivisia muodostavien oligo yhdistelmien erottamiseksi oikeita positiivisia muodostavien joukosta. Uutta oligojen seulonta protokollaa testattiin ja sen hyvyyttä arvioitiin. Kehitettyä yksittäistä ja monistuskontrollin sisältämää Yersinia testiä optimoitiin lyhyesti muuttamalla muutamaa yksittäistä tekijää yksi kerrallaan. Uuden oligoiden seulonta menetelmän havaittiin olevan työläs ja aikaa vievä. Yersinia SIBA® testi saatiin kehitettyä ja toimimaan yhdessä sisäisen monistuskontrollin kanssa. Pienenkin optimoinnin havaittiin nopeuttavan ja herkistävän menetelmää. Yksittäinen Yersinia testi oli verrokkina toiminutta PCR menetelmää nopeampi, mutta hävisi sille herkkyydessä. Yersinia testin yhdistäminen monistuskontrollin kanssa havaittiin häiritsevän Yersinia menetelmän suoritusta. |
| Tiivistelmä (eng): | In Finland Yersinia is one of the main causes of bacterial diarrhea in addition of Salmonella and Campylobacter. Infections can be asymptomatic and cause self-limited gastroenteritis, but can also be associated with several infections and immunological complications. In this master thesis an initial assay to enteropathogenic Yersinia species was developed for novel isothermal amplification method SIBA®. Aim of this study was to develop sensitive and fast Yersinia SIBA® assay by using oligo screening method. Another aim was to have developed Yersinia assay multiplexed with some existing internal control assay candidate. Regulator gene virF was selected as a target gene because it is highly similar with Y. enterocolitica and Y. pseudotuberculosis strains. Oligos for virF gene based Yersinia assay were designed and screened together with and without specific template to find oligo combinations, which do not give false positive reactions. A new type of screening protocol was tested and evaluated. Developed singleplex and duplex Yersinia assays were also shortly optimized by adjusting one parameter at the time. Establisment of a new screening protocol was found to be laborious and time consuming. It resulted in development of candidate duplexed Yersinia SIBA® assay with internal control. The initial assay was also briefly optimized for speed and sensitivity. The developed singleplex assay as singleplex defeated a reference PCR method at speed, whereas at sensitivity it was lacking. In addition, duplexing with the internal control was found to inhibit assay performance. |
| ED: | 2015-08-16 |
INSSI tietueen numero: 51849
+ lisää koriin
INSSI