haku: @instructor Törmä, Anssi / yhteensä: 2
hakutulos-lista
viite: 2 / 2
« edellinen | seuraava »
Tekijä:Hallivuori, Leena
Työn nimi:Creating Tools to Import and Edit Biological Systems Data
Työkalujen luominen systeemibiologisen datan siirtämiseen ja muokkaamiseen
Julkaisutyyppi:Diplomityö
Julkaisuvuosi:2006
Sivut:85      Kieli:   eng
Koulu/Laitos/Osasto:Tietotekniikan osasto
Oppiaine:Laskennallinen tekniikka   (S-114)
Valvoja:Kaski, Kimmo
Ohjaaja:Törmä, Anssi
OEVS:
Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje
sulje

Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossa

Oppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa.

Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/

Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.

Kirjautuminen asiakaskoneille

  • Aalto-yliopistolaiset kirjautuvat asiakaskoneille Aalto-tunnuksella ja salasanalla.
  • Muut asiakkaat kirjautuvat asiakaskoneille yhteistunnuksilla.

Opinnäytteen avaaminen

  • Asiakaskoneiden työpöydältä löytyy kuvake:

    Aalto Thesis Database

  • Kuvaketta klikkaamalla pääset hakemaan ja avaamaan etsimäsi opinnäytteen Aaltodoc-tietokannasta. Opinnäytetiedosto löytyy klikkaamalla viitetietojen OEV- tai OEVS-kentän linkkiä.

Opinnäytteen lukeminen

  • Opinnäytettä voi lukea asiakaskoneen ruudulta tai sen voi tulostaa paperille.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi tallentaa muistitikulle tai lähettää sähköpostilla.
  • Opinnäytetiedoston sisältöä ei voi kopioida.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi muokata.

Opinnäytteen tulostus

  • Opinnäytteen voi tulostaa itselleen henkilökohtaiseen opiskelu- ja tutkimuskäyttöön.
  • Aalto-yliopiston opiskelijat ja henkilökunta voivat tulostaa mustavalkotulosteita Oppimiskeskuksen SecurePrint-laitteille, kun tietokoneelle kirjaudutaan omilla Aalto-tunnuksilla. Väritulostus on mahdollista asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Väritulostaminen on maksullista Aalto-yliopiston opiskelijoille ja henkilökunnalle.
  • Ulkopuoliset asiakkaat voivat tulostaa mustavalko- ja väritulosteita Oppimiskeskuksen asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Tulostaminen on maksullista.
Sijainti:P1 Ark Aalto     | Arkisto
Avainsanat:systems biology
tools
databases
integration
simulation
systeemibiologia
työkalut
tietokannat
yhdistäminen
simulointi
Tiivistelmä (fin):Tässä diplomityössä käsitellään malleja, ohjelmia ja tietokantoja systeemibiologiassa.
Tämä diplomityö koostuu kirjallisuuskatsauksesta ja toteutusosasta.

Kirjallisuuskatsauksessa esitetään tarpeellinen taustatieto systeemibiologiasta ja niistä haasteista, jotka mallien esitys ja käyttö aiheuttavat.
Kirjallisuusosassa pohditaan systeemibiologiaa tieteenalana ja alan erikoispiirteitä.
Lisäksi mietitään, miten systeemibiologisia malleja esitetään tällä hetkellä ja miten ne pitäisi esittää.
Valittu joukko työkaluja, joita voidaan käyttää mallien saamiseksi esitellään.
Lisäksi tutustutaan muutamaan tietokantaan, joissa säilytetään ja jaetaan systeemibiologian malleja.

Toteutusosassa käsitellään kolmea tietokoneohjelmaa, jotka on toteutettu tämän diplomityön puitteissa käytettäviksi systeemibiologisen datan siirtämiseen ja muokkaamiseen.
Integrator, ohjelmisto systeemibiologian tutkimukseen, on huomion kohteena.
Tämän diplomityön puitteissa Integraattoriin luotiin kolme uutta tietokoneohjelmaa.
Nämä ovat Systems Biology Markup Language (SBML)-parseri, jolla voidaan tuoda systeemibiologian malleja Integrator ympäristöön, Kineettisten lakien muokkaaja, jolla voidaan muunnella malleja tehokkaasti ja käyttäjän kannalta helpommin sekä Datasettien muokkaaja simulaatioiden alkuarvojen asettamiseen ja tulosten tulkintaan.

Kaksi Mitogen Activated Protein Kinase (MAPK)-kaskadi mallin simulaatiota replikoidaan käyttämällä SBML-formaatissa olevaa mallia, joka on haettu BioModels tietokannasta.
Malli tuodaan Integrator ympäristöön SMBL-parserilla.
Kineettisten lakien muokkaajaa käytetään mallin muuntelemiseen simulaatioiden välissä.
Datasettien muokkaajaa käytetään alkuarvojen asettamiseen ja tulosten näkemiseen.
ED:2006-09-12
INSSI tietueen numero: 32371
+ lisää koriin
« edellinen | seuraava »
INSSI