haku: @instructor Honkela, Antti / yhteensä: 3
hakutulos-lista
viite: 1 / 3
« edellinen | seuraava »
Tekijä:Uziela, Karolis
Työn nimi:Making microarray and RNA-seq gene expression data comparable
Julkaisutyyppi:Diplomityö
Julkaisuvuosi:2012
Sivut:vi + 60      Kieli:   eng
Koulu/Laitos/Osasto:BIT-tutkimuskeskus
Oppiaine:Informaatiotekniikka   (T-61)
Valvoja:Rousu, Juho ; Aurell, Erik
Ohjaaja:Honkela, Antti
Elektroninen julkaisu: http://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-201210043222
OEVS:
Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje
sulje

Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossa

Oppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa.

Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/

Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.

Kirjautuminen asiakaskoneille

  • Aalto-yliopistolaiset kirjautuvat asiakaskoneille Aalto-tunnuksella ja salasanalla.
  • Muut asiakkaat kirjautuvat asiakaskoneille yhteistunnuksilla.

Opinnäytteen avaaminen

  • Asiakaskoneiden työpöydältä löytyy kuvake:

    Aalto Thesis Database

  • Kuvaketta klikkaamalla pääset hakemaan ja avaamaan etsimäsi opinnäytteen Aaltodoc-tietokannasta. Opinnäytetiedosto löytyy klikkaamalla viitetietojen OEV- tai OEVS-kentän linkkiä.

Opinnäytteen lukeminen

  • Opinnäytettä voi lukea asiakaskoneen ruudulta tai sen voi tulostaa paperille.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi tallentaa muistitikulle tai lähettää sähköpostilla.
  • Opinnäytetiedoston sisältöä ei voi kopioida.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi muokata.

Opinnäytteen tulostus

  • Opinnäytteen voi tulostaa itselleen henkilökohtaiseen opiskelu- ja tutkimuskäyttöön.
  • Aalto-yliopiston opiskelijat ja henkilökunta voivat tulostaa mustavalkotulosteita Oppimiskeskuksen SecurePrint-laitteille, kun tietokoneelle kirjaudutaan omilla Aalto-tunnuksilla. Väritulostus on mahdollista asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Väritulostaminen on maksullista Aalto-yliopiston opiskelijoille ja henkilökunnalle.
  • Ulkopuoliset asiakkaat voivat tulostaa mustavalko- ja väritulosteita Oppimiskeskuksen asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Tulostaminen on maksullista.
Sijainti:P1 Ark Aalto     | Arkisto
Avainsanat:microarray
RNA-seq
gene expression
bioinformatics
Tiivistelmä (eng): Measuring gene expression levels in the cell is an important tool in biomedical sciences.
It can be used in new drug development, disease diagnostics and many other areas.
Currently, two most popular platforms for measuring gene expression are microarrays and RNA-sequencing (RNA-seq).
Making the gene expression results more comparable between these two platforms is an important topic which has not yet been investigated enough.

In this thesis, we present a novel method, called PREBS, that addresses this issue.
Our method adjusts RNA-seq data computational processing in a way that makes the resulting gene expression measures more similar to microarray based gene expression measures.
We compare our method against two other RNA-seq processing methods, RPKM and MMSEQ, and evaluate each method's agreement with microarrays by calculating correlations between the platforms.
We show that our method reaches the highest level of agreement among all of the methods in absolute expression scale and has a similar level of agreement as the other methods in differential expression scale.

Additionally, this thesis provides some background on gene expression, its measurement and computational analysis of gene expression data.
Moreover, it gives a brief literature review on the past microarray{RNA-seq comparisons.
ED:2012-09-19
INSSI tietueen numero: 45271
+ lisää koriin
« edellinen | seuraava »
INSSI