haku: @keyword transcriptome / yhteensä: 3
hakutulos-lista
viite: 3 / 3
« edellinen | seuraava »
Tekijä:Rajaraman, Sitaram
Työn nimi:Computational analysis of heart transcriptome in genetically modified rats
Julkaisutyyppi:Diplomityö
Julkaisuvuosi:2012
Sivut:52      Kieli:   eng
Koulu/Laitos/Osasto:BIT-tutkimuskeskus
Oppiaine:Informaatiotekniikka   (T-61)
Valvoja:Lähdesmäki, Harri ; Aurell, Erik
Ohjaaja:Kivelä, Riikka
OEVS:
Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje
sulje

Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossa

Oppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa.

Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/

Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.

Kirjautuminen asiakaskoneille

  • Aalto-yliopistolaiset kirjautuvat asiakaskoneille Aalto-tunnuksella ja salasanalla.
  • Muut asiakkaat kirjautuvat asiakaskoneille yhteistunnuksilla.

Opinnäytteen avaaminen

  • Asiakaskoneiden työpöydältä löytyy kuvake:

    Aalto Thesis Database

  • Kuvaketta klikkaamalla pääset hakemaan ja avaamaan etsimäsi opinnäytteen Aaltodoc-tietokannasta. Opinnäytetiedosto löytyy klikkaamalla viitetietojen OEV- tai OEVS-kentän linkkiä.

Opinnäytteen lukeminen

  • Opinnäytettä voi lukea asiakaskoneen ruudulta tai sen voi tulostaa paperille.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi tallentaa muistitikulle tai lähettää sähköpostilla.
  • Opinnäytetiedoston sisältöä ei voi kopioida.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi muokata.

Opinnäytteen tulostus

  • Opinnäytteen voi tulostaa itselleen henkilökohtaiseen opiskelu- ja tutkimuskäyttöön.
  • Aalto-yliopiston opiskelijat ja henkilökunta voivat tulostaa mustavalkotulosteita Oppimiskeskuksen SecurePrint-laitteille, kun tietokoneelle kirjaudutaan omilla Aalto-tunnuksilla. Väritulostus on mahdollista asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Väritulostaminen on maksullista Aalto-yliopiston opiskelijoille ja henkilökunnalle.
  • Ulkopuoliset asiakkaat voivat tulostaa mustavalko- ja väritulosteita Oppimiskeskuksen asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Tulostaminen on maksullista.
Sijainti:P1 Ark Aalto     | Arkisto
Avainsanat:transcriptome
rats
knockout
transgene
RNASeq
microarray
GSEA
Tiivistelmä (eng): The transcriptome represents the DNA in the form of mRNA and it encodes proteins.
Studying the transcriptome has always given scientists insights into the proteins synthesised in the various regions of the body and its functions.
This project deals with the computational analysis of the heart transcriptome of an over-expressing rat and a knockout rat, the outcome of which will shed light on the factors influencing the functioning of the heart.

The project was split into three parts.
The first two parts dealt with RNASeq analysis of the over-expressing rat where the transcriptome was subjected to differential expression analysis at the gene level and at the exon level respectively.
The outcome provided some interesting genes and exons at the top of the list.
The gene level analysis was extended to Gene Set Enrichment Analysis and a number of pathways were obtained.
The third part of the project dealt with micro array data analysis of knockout rats.

The final output showed the obvious differential expression of the knockout gene while the rest of the genes showed minimum variation under normal conditions.
Future directions for this project would involve further analysis on the biological aspects of the pathways obtained from the RNASeq data analysis to shed light on the impact of the transgene on them and unravelling other functionalities of the gene while also identifying new and unknown transcripts using tools like Cufflinks and annotating the exons.
ED:2012-09-19
INSSI tietueen numero: 45272
+ lisää koriin
« edellinen | seuraava »
INSSI