haku: @keyword microRNA / yhteensä: 3
viite: 2 / 3
| Tekijä: | Norokorpi, Hanna-Leena |
| Työn nimi: | MicroRNA expression in human low grade diffuse glioma and secondary glioblastoma samples |
| MikroRNA:den ilmentyminen alemman graduksen diffuuseissa glioomissa ja sekundaarisissa glioblastoomissa | |
| Julkaisutyyppi: | Diplomityö |
| Julkaisuvuosi: | 2016 |
| Sivut: | (7) + 72 s. + liitt. 9 Kieli: eng |
| Koulu/Laitos/Osasto: | Sähkötekniikan korkeakoulu |
| Oppiaine: | Laskennallinen ja kognitiivinen biotiede (IL3003) |
| Valvoja: | Lähdesmäki, Harri |
| Ohjaaja: | Nykter, Matti ; Granberg, Kirsi |
| Elektroninen julkaisu: | http://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-201611025392 |
| Sijainti: | P1 Ark Aalto 5292 | Arkisto |
| Avainsanat: | MicroRNA miRNA glioma secondary glioblastoma sRNA-seq differential expression analysis gliooma sekundaarinen glioblastooma differentiaalinen ilmentyminen |
| Tiivistelmä (fin): | Sekundaariset glioblastoomat ovat aggressiivisia aivokasvaimia. Ne kehittyvät vähemmän pahanlaatuisesta esiasteesta, diffuusista glioomasta. MikroRNAt ovat pieniä sääteleviä RNA:ita. Ne säätelevät kohdegeeniensä ilmentymistä post-transkriptionaalisesti. MikroRNAt joko hajottavat kohdegeeniensä mRNA:ita tai vähentävät niiden translaatiota. Jos mikroRNA:n sekvenssi tiedetään, voidaan sen kohdegeenit ennustaa mikroRNA:n ja kohdegeenin välisen sekvenssihomologian perusteella. MikroRNA:iden ilmentymistasoissa on havaittu eroja glioomien ja sekundaaristen glioblastoomien välillä. Nämä erot toimivat markkereina kasvaimen ennusteelle ja hoitotuloksille. MikroRNA-tasojen muutosten voidaan myös olettaa aiheuttavan muutoksia niiden kohdegeenien ilmentymistasoissa näiden kahden kasvaintyypin välillä. Kohdegeenien ilmentymismuutokset saattavat puolestaan auttaa ymmärtämään niitä biologisia taustamekanismeja jotka liittyvät sekundaarisen glioblastooman kehittymiseen diffuusista glioomasta. Tämän projektin tavoitteena oli tunnistaa eroja mikroRNA:iden ilmentymistasoissa gliooma-sekundaarinen glioblastooma näyteparien välillä sRNA-seq datasta. Niille mikroRNA:ille jotka ilmentyivät eri tasoilla glioomissa verrattuna glioblastoomiin ennustettin kohdegeenit. Näistä samoista kasvaimista saatua RNA-seq dataa hyödynnettiin mikroRNA-mRNA vuorovaikutusten mallinnuksessa, sekä tunnistamaan oleellisimpiin kohdegeeneihin liittyviä biologisia teemoja. |
| Tiivistelmä (eng): | Secondary glioblastomas are aggressive brain tumours which develop from less malignant precursor tumours known as diffuse gliomas. MicroRNAs are a class of small regulatory RNAs. They regulate the expression levels of their target genes post-transcriptionally by increasing the degradation of the target gene mRNA, or by repressing its translation. Because microRNAs exhibit sequence complementarity to their target mRNAs, the target genes of microRNAs with known sequences can be predicted. The expression levels of microRNAs have been shown to differ between diffuse gliomas and secondary glioblastomas. These differences act as markers predicting survival rates and response to therapy. In addition, microRNA dysregulation is expected to affect the expression levels of the microRNA target genes. The effects of these target gene expression level changes may help in identifying biological mechanisms associated with the development of a secondary glioblastoma from its diffuse glioma precursor. This project aimed to identify differential microRNA expression signatures in sRNA-seq data from sets of paired samples of secondary glioblastomas and their precursor gliomas. Putative target genes of the dysregulated microRNAs were also identified. Analysis of RNA-seq data from the same set of samples was also included to model microRNA-mRNA regulatory interactions, and to identify biological themes associated with the relevant dysregulated target genes. |
| ED: | 2016-11-13 |
INSSI tietueen numero: 54923
+ lisää koriin
INSSI