haku: @keyword iterative methods / yhteensä: 4
hakutulos-lista
viite: 1 / 4
« edellinen | seuraava »
Tekijä:Crivaro, Marko Vito Petteri
Työn nimi:Deconvolution of Noisy Two-Photon Microscopy Images
Kohinaisten kaksifotonimikroskooppikuvien dekonvoluutio
Julkaisutyyppi:Diplomityö
Julkaisuvuosi:2010
Sivut:[6] + 60      Kieli:   eng
Koulu/Laitos/Osasto:Informaatio- ja luonnontieteiden tiedekunta
Oppiaine:Lääketieteellinen tekniikka   (Tfy-99)
Valvoja:Koskelainen, Ari
Ohjaaja:Riera, Jorge
OEVS:
Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje
sulje

Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossa

Oppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa.

Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/

Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.

Kirjautuminen asiakaskoneille

  • Aalto-yliopistolaiset kirjautuvat asiakaskoneille Aalto-tunnuksella ja salasanalla.
  • Muut asiakkaat kirjautuvat asiakaskoneille yhteistunnuksilla.

Opinnäytteen avaaminen

  • Asiakaskoneiden työpöydältä löytyy kuvake:

    Aalto Thesis Database

  • Kuvaketta klikkaamalla pääset hakemaan ja avaamaan etsimäsi opinnäytteen Aaltodoc-tietokannasta. Opinnäytetiedosto löytyy klikkaamalla viitetietojen OEV- tai OEVS-kentän linkkiä.

Opinnäytteen lukeminen

  • Opinnäytettä voi lukea asiakaskoneen ruudulta tai sen voi tulostaa paperille.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi tallentaa muistitikulle tai lähettää sähköpostilla.
  • Opinnäytetiedoston sisältöä ei voi kopioida.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi muokata.

Opinnäytteen tulostus

  • Opinnäytteen voi tulostaa itselleen henkilökohtaiseen opiskelu- ja tutkimuskäyttöön.
  • Aalto-yliopiston opiskelijat ja henkilökunta voivat tulostaa mustavalkotulosteita Oppimiskeskuksen SecurePrint-laitteille, kun tietokoneelle kirjaudutaan omilla Aalto-tunnuksilla. Väritulostus on mahdollista asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Väritulostaminen on maksullista Aalto-yliopiston opiskelijoille ja henkilökunnalle.
  • Ulkopuoliset asiakkaat voivat tulostaa mustavalko- ja väritulosteita Oppimiskeskuksen asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Tulostaminen on maksullista.
Sijainti:P1 Ark Aalto  77   | Arkisto
Avainsanat:multi-photon laser scanning microscopy
image deconvolution
split-gradient method
maximum likelihood estimators
iterative methods
background estimation
monifotonilasermikroskopia
dekonvoluutio
split-gradient -menetelmä
maximum-likelihood estimaattori
iteratiiviset menetelmät
kohinan arviointi
Tiivistelmä (fin): Kaksifotonifluoresenssimikroskoopilla voidaan tutkia aivoja ennen näkemättömällä tarkkuudella, mutta monista tekijöistä johtuen kuvanlaatu on usein heikko.
Suurin kuvanlaatua alentava tekijä on laitteiston aiheuttama sumentuma, jota voidaan mallintaa systeemin impulssivasteella.
Tällöin mitattu kuva vastaa impulssivasteen ja oikean kuvan konvoluutiota.
Jotta mitatusta kuvasta voitaisiin arvioida oikea kuva, on suoritettava dekonvoluutio ottaen myös huomioon muut kuvanlaatuun vaikuttavat tekijät, kuten kohina ja taustasignaali.

Tässä työssä esitellään useita kirjallisuudessa esiintyviä keinoja suorittaa 3D dekonvoluutio kiinnittäen erityistä huomiota taustasignaaliin, joka on kirjallisuudessa jätetty vähälle huomiolle.
Eräs esitellyistä metodeista on ns. split-gradient -tekniikka, jota tässä työssä parannetaan liittämällä siihen maximum-likelihood -pohjainen taustasignaalin arviointivaihe.
Työssä esitellään kaksi fantomi-kuvaa, joita käytetään työssä kehitetyn parannellun split-gradient -tekniikan ja alkuperäiseen menetelmän vertaamiseen mittaamalla Kullback-Leibler divergenssia tulosten ja alkuperäisten kuvien välillä.
Tämän lisäksi metodien tarkkuutta rekonstruoida kuvan reunat arvioidaan ja menetelmiä sovelletaan myös oikeisiin astrosyyttikuviin.
Jos käsitellyissä kuvissa on huomattavan epähomogeeninen taustasignaali, työssä kehitetty paranneltu split-gradient menetelmä on vanhaa versiota parempi.
Jos taustasignaali on kuvassa vakio, menetelmät suoriutuvat dekonvoluutiosta likimain samalla tarkkuudella.
Tiivistelmä (eng): Two-photon fluorescence microscopes can be used to observe brains with a supreme resolution.
However, due to various phenomena the image quality is often lacking.
Most notable degradation is the blur caused by the imaging optics that can be modelled as an impulse response of the imaging system.
This means that the measured image can be considered as a convolution between the impulse response and the actual image.
In order to estimate the actual image from the measured one, a deconvolution must be performed taking into account the nature of the impulse response as well as other factors influencing the signal, such as stochastic noise and background signal.

In this work several methods to deconvolve 3D microscopy images are introduced, including the current state-of-the-art solution, the so called split-gradient method.
Additional detail is paid to the background signal, a factor that has been left with little attention in the literature.
Particularly, the split-gradient method is improved by adding a robust maximum-likelihood-based background estimation step to the algorithm.
Two artificial images are introduced and used to compare the methods.
The method developed in this work is compared to the plain split-gradient method by measuring the Kullback-Leibler divergences between the phantom images and reconstructions, as well as by measuring the respective edge reconstruction qualities.
The developed algorithm was also applied to real astrocyte images.
The results show that in cases where the image is corrupted by significant background signal, the new approach is superior to that of the plain split-gradient method and that in other cases the methods perform comparably.
ED:2010-11-15
INSSI tietueen numero: 41302
+ lisää koriin
« edellinen | seuraava »
INSSI