haku: @keyword spatial / yhteensä: 4
hakutulos-lista
viite: 1 / 4
« edellinen | seuraava »
Tekijä:Barrientos Somarribas, Mauricio
Työn nimi:Methodology for single cell profiling using spatially resolved gene expression data - Case study using a four-stage cancer model
Julkaisutyyppi:Diplomityö
Julkaisuvuosi:2013
Sivut:v + 75      Kieli:   eng
Koulu/Laitos/Osasto:Perustieteiden korkeakoulu
Oppiaine:Tietokoneverkot   (T-110)
Valvoja:Lähdesmäki, Harri ; Lundeberg, Joakim
Ohjaaja:Vickovic, Sanja ; Ståhl, Patrik
OEVS:
Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje
sulje

Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossa

Oppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa.

Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/

Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.

Kirjautuminen asiakaskoneille

  • Aalto-yliopistolaiset kirjautuvat asiakaskoneille Aalto-tunnuksella ja salasanalla.
  • Muut asiakkaat kirjautuvat asiakaskoneille yhteistunnuksilla.

Opinnäytteen avaaminen

  • Asiakaskoneiden työpöydältä löytyy kuvake:

    Aalto Thesis Database

  • Kuvaketta klikkaamalla pääset hakemaan ja avaamaan etsimäsi opinnäytteen Aaltodoc-tietokannasta. Opinnäytetiedosto löytyy klikkaamalla viitetietojen OEV- tai OEVS-kentän linkkiä.

Opinnäytteen lukeminen

  • Opinnäytettä voi lukea asiakaskoneen ruudulta tai sen voi tulostaa paperille.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi tallentaa muistitikulle tai lähettää sähköpostilla.
  • Opinnäytetiedoston sisältöä ei voi kopioida.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi muokata.

Opinnäytteen tulostus

  • Opinnäytteen voi tulostaa itselleen henkilökohtaiseen opiskelu- ja tutkimuskäyttöön.
  • Aalto-yliopiston opiskelijat ja henkilökunta voivat tulostaa mustavalkotulosteita Oppimiskeskuksen SecurePrint-laitteille, kun tietokoneelle kirjaudutaan omilla Aalto-tunnuksilla. Väritulostus on mahdollista asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Väritulostaminen on maksullista Aalto-yliopiston opiskelijoille ja henkilökunnalle.
  • Ulkopuoliset asiakkaat voivat tulostaa mustavalko- ja väritulosteita Oppimiskeskuksen asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Tulostaminen on maksullista.
Sijainti:P1 Ark Aalto     | Arkisto
Avainsanat:transcriptomics
spatial
cancer
single-cell
Tiivistelmä (eng): The advent of single-cell transcriptomics has enabled the study of cellular heterogeneity within and among populations.
Current methods are only able to process a small number of cells.
A promising method for high-throughput spatially resolved gene expression analysis with close to single-cell resolution is currently being developed under the concept of spatial transcriptomics.
Work is currently carried out to create bioinformatics tools to enable efficient analysis and integration of the data produced by the method.

This thesis describes an automatized pipeline that has been developed for the integration and post-processing of spatial transcriptomics cell line imaging and sequencing data.
The pipeline was applied to data from two different cell lines derived from a four-stage cancer model study.
Suitable pipeline parameters for the analysis of these cell lines are proposed.
ED:2014-01-07
INSSI tietueen numero: 48296
+ lisää koriin
« edellinen | seuraava »
INSSI