haku: @keyword gene regulation / yhteensä: 5
hakutulos-lista
viite: 4 / 5
« edellinen | seuraava »
Tekijä:Prakash, Kirti
Työn nimi:A binary combinatorial histone code
Julkaisutyyppi:Diplomityö
Julkaisuvuosi:2012
Sivut:x + 59 s.      Kieli:   eng
Koulu/Laitos/Osasto:Tietotekniikan laitos
Oppiaine:Informaatiotekniikka   (T-61)
Valvoja:Lähdesmäki, Harri
Ohjaaja:Lähdesmäki, Harri
OEVS:
Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje
sulje

Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossa

Oppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa.

Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/

Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.

Kirjautuminen asiakaskoneille

  • Aalto-yliopistolaiset kirjautuvat asiakaskoneille Aalto-tunnuksella ja salasanalla.
  • Muut asiakkaat kirjautuvat asiakaskoneille yhteistunnuksilla.

Opinnäytteen avaaminen

  • Asiakaskoneiden työpöydältä löytyy kuvake:

    Aalto Thesis Database

  • Kuvaketta klikkaamalla pääset hakemaan ja avaamaan etsimäsi opinnäytteen Aaltodoc-tietokannasta. Opinnäytetiedosto löytyy klikkaamalla viitetietojen OEV- tai OEVS-kentän linkkiä.

Opinnäytteen lukeminen

  • Opinnäytettä voi lukea asiakaskoneen ruudulta tai sen voi tulostaa paperille.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi tallentaa muistitikulle tai lähettää sähköpostilla.
  • Opinnäytetiedoston sisältöä ei voi kopioida.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi muokata.

Opinnäytteen tulostus

  • Opinnäytteen voi tulostaa itselleen henkilökohtaiseen opiskelu- ja tutkimuskäyttöön.
  • Aalto-yliopiston opiskelijat ja henkilökunta voivat tulostaa mustavalkotulosteita Oppimiskeskuksen SecurePrint-laitteille, kun tietokoneelle kirjaudutaan omilla Aalto-tunnuksilla. Väritulostus on mahdollista asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Väritulostaminen on maksullista Aalto-yliopiston opiskelijoille ja henkilökunnalle.
  • Ulkopuoliset asiakkaat voivat tulostaa mustavalko- ja väritulosteita Oppimiskeskuksen asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Tulostaminen on maksullista.
Sijainti:P1 Ark Aalto     | Arkisto
Avainsanat:histone modifications
nucleosomes
chromatin
gene regulation
regulatory elements
ChIP-Seq data
boolean models
feature selection
network selection
Tiivistelmä (eng): Background: Post-translational modifications of nucleosomal histone proteins play a vital role in regulation of gene expression, and are considered as one of the major emerging concept to study gene regulation.
But a comprehensive study of combinatorial patterns, or networks, of the post-translational histone modifications within nucleosomes still remains limited.

Methods and Results: In this thesis, we describe a framework to identify histone modification networks that might exist within nucleosomes.
To test this framework, we combined ChIP-seq data from human CD4+ T cells covering 39 different histone modifications, and identified over 750,000 nucleosomes.
We then carried out Boolean association analysis for top 186,000 nucleosomes for each individual histone modification, and robustly searched to find which other modifications show best dependency.
We then identified most prominent histone modification combination that occurred among the selected modifications.

Conclusions: Our results provide a comprehensive list of combinatorial patterns of histone modifications that might exist together within nucleosomes.
We conclude that Boolean approach provides a computationally efficient way to study histone modification networks.
We believe that when this approach is extended to different regulatory regions, such as enhancers and insulators, will provide us with better insights into gene regulation.
ED:2012-05-16
INSSI tietueen numero: 44575
+ lisää koriin
« edellinen | seuraava »
INSSI