haku: @keyword spatial information / yhteensä: 5
hakutulos-lista
viite: 1 / 5
« edellinen | seuraava »
Tekijä:Henao Diaz, Emanuela
Työn nimi:Spatial Genomics: Towards single-cell exome sequencing with spatial resolution in tissue sections
Julkaisutyyppi:Diplomityö
Julkaisuvuosi:2013
Sivut:59      Kieli:   eng
Koulu/Laitos/Osasto:Perustieteiden korkeakoulu
Oppiaine:Informaatiotekniikka   (T-61)
Valvoja:Lundeberg, Joakim ; Lähdesmäki, Harri
Ohjaaja:Vickovic, Sanja ; Ståhl, Patrik
OEVS:
Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje
sulje

Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossa

Oppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa.

Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/

Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.

Kirjautuminen asiakaskoneille

  • Aalto-yliopistolaiset kirjautuvat asiakaskoneille Aalto-tunnuksella ja salasanalla.
  • Muut asiakkaat kirjautuvat asiakaskoneille yhteistunnuksilla.

Opinnäytteen avaaminen

  • Asiakaskoneiden työpöydältä löytyy kuvake:

    Aalto Thesis Database

  • Kuvaketta klikkaamalla pääset hakemaan ja avaamaan etsimäsi opinnäytteen Aaltodoc-tietokannasta. Opinnäytetiedosto löytyy klikkaamalla viitetietojen OEV- tai OEVS-kentän linkkiä.

Opinnäytteen lukeminen

  • Opinnäytettä voi lukea asiakaskoneen ruudulta tai sen voi tulostaa paperille.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi tallentaa muistitikulle tai lähettää sähköpostilla.
  • Opinnäytetiedoston sisältöä ei voi kopioida.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi muokata.

Opinnäytteen tulostus

  • Opinnäytteen voi tulostaa itselleen henkilökohtaiseen opiskelu- ja tutkimuskäyttöön.
  • Aalto-yliopiston opiskelijat ja henkilökunta voivat tulostaa mustavalkotulosteita Oppimiskeskuksen SecurePrint-laitteille, kun tietokoneelle kirjaudutaan omilla Aalto-tunnuksilla. Väritulostus on mahdollista asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Väritulostaminen on maksullista Aalto-yliopiston opiskelijoille ja henkilökunnalle.
  • Ulkopuoliset asiakkaat voivat tulostaa mustavalko- ja väritulosteita Oppimiskeskuksen asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Tulostaminen on maksullista.
Sijainti:P1 Ark Aalto     | Arkisto
Avainsanat:cancer
spatial information
single-cell
genomics
exome sequencing
Tiivistelmä (eng): Tumor heterogeneity is a major challenge in cancer research because heterogeneity of tumors leads to mixed results from different cancer clones present in a sample [Navin and Hicks, 2011].
These make the study of the population structure of a tumor and its progression very difficult.
Nowadays, with the development of single-cell sequencing (SCS) it is possible to quantify tumor diversity at the single cell level in clinical [Baslan et al., 2012] thus allowing the study of complex cell mixes.

However, current technologies in SCS rely on separation techniques to isolate single-cells from tissue samples.
These methods are labour intensive, produce low throughput and some lose spatial information within the tissue.
To overcome this challenge we are developing a technique that will allow the characterization of genomic variations in tissue sections at a single-cell resolution.
Specifically, in this study we attempt to establish an experimental workflow that will enable this characterization.

We created DNA libraries by hybridizing and extending DNA on a solid surface, followed by an exome capture.
For DNA extension over a solid surface, we compared the performance of Klenow Fragment (3'-> 5'exo-) (KF) and Phi29 DNA polymerases by looking at the exome sequencing data.
From the preliminary analysis of the resulting data, we observed that Phi29 library had a higher amplification bias due to lower diversity when compared to the KF exome library.
ED:2014-01-07
INSSI tietueen numero: 48299
+ lisää koriin
« edellinen | seuraava »
INSSI