haku: @keyword molecular dynamics / yhteensä: 19
hakutulos-lista
viite: 7 / 19
« edellinen | seuraava »
Tekijä:Määttä, Jukka Sakari
Työn nimi:A Novel United-Atom Force Field for Phosphatidylglycerols
Yhdistettyjen atomien voimakenttä Fosfoglyserolipideille
Julkaisutyyppi:Diplomityö
Julkaisuvuosi:2012
Sivut:112 + [36]      Kieli:   eng
Koulu/Laitos/Osasto:Lääketieteellisen tekniikan ja laskennallisen tieteen laitos
Oppiaine:Lääketieteellinen tekniikka   (Tfy-99)
Valvoja:Koskelainen, Ari
Ohjaaja:Salonen, Emppu
OEVS:
Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje
sulje

Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossa

Oppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa.

Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/

Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.

Kirjautuminen asiakaskoneille

  • Aalto-yliopistolaiset kirjautuvat asiakaskoneille Aalto-tunnuksella ja salasanalla.
  • Muut asiakkaat kirjautuvat asiakaskoneille yhteistunnuksilla.

Opinnäytteen avaaminen

  • Asiakaskoneiden työpöydältä löytyy kuvake:

    Aalto Thesis Database

  • Kuvaketta klikkaamalla pääset hakemaan ja avaamaan etsimäsi opinnäytteen Aaltodoc-tietokannasta. Opinnäytetiedosto löytyy klikkaamalla viitetietojen OEV- tai OEVS-kentän linkkiä.

Opinnäytteen lukeminen

  • Opinnäytettä voi lukea asiakaskoneen ruudulta tai sen voi tulostaa paperille.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi tallentaa muistitikulle tai lähettää sähköpostilla.
  • Opinnäytetiedoston sisältöä ei voi kopioida.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi muokata.

Opinnäytteen tulostus

  • Opinnäytteen voi tulostaa itselleen henkilökohtaiseen opiskelu- ja tutkimuskäyttöön.
  • Aalto-yliopiston opiskelijat ja henkilökunta voivat tulostaa mustavalkotulosteita Oppimiskeskuksen SecurePrint-laitteille, kun tietokoneelle kirjaudutaan omilla Aalto-tunnuksilla. Väritulostus on mahdollista asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Väritulostaminen on maksullista Aalto-yliopiston opiskelijoille ja henkilökunnalle.
  • Ulkopuoliset asiakkaat voivat tulostaa mustavalko- ja väritulosteita Oppimiskeskuksen asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Tulostaminen on maksullista.
Sijainti:P1 Ark Aalto  229   | Arkisto
Avainsanat:molecular dynamics
simulation
phosphatidylglycerol
PG
force field
molekyylidynamiikka
simulaatio
fosfoglyseroli
PG
voimakenttä
Tiivistelmä (fin): Fosfoglyserolilipidit ovat anionisia rasvoja, jotka ovat yleisiä erityisesti prokaryoottisolujen solukalvoissa sekä kasvien kloroplastikalvoissa.Nisäkkäissä PG-lipidejä esiintyy keuhkosurfaktantteina, verisoluissa sekä mitokondrioiden kalvostoissa.
PG-lipidien faasikäyttäytyminen on hyvin monimutkaista, mikä on tavallista negatiivisesti varautuneille fosfolipidieille.

Lämpötila, pH ja mono- sekä divalenttisten ioneiden konsentraatiolla on vaikutusta sekä PG-lipidien faasitransitioihin että faasien rakenteeseen.
Lisäksi PG-pääryhmän glyseroliryhmällä on hyvin kompleksinen konformaatioavaruus vesiympäristössä, koska glyserolin lähekkäiset hydroksyyliryhmät mahdollistavat monien erityyppisten konformaatioiden stabilisoinnin vetysidosten avulla.

Tässä diplomityössä rakennetaan PG-lipideille voimakenttä.
Tavoitteena on yhdistää se osaksi suurempaa, konsistenttia lipidivoimakenttäkirjastoa.
Voimakentän torsionaaliset parametrit ja osittaisvaraukset on laskettu korkean tason ab-initio kvanttimekaniikkalaskentaa (QM) sekä semiempiiristä molekyylimekaniikkaa (MM) hyväksi käyttäen.
Lennard-Jones -parametrit on otettu Jorgensenin kehittämästä OPLS-UA voimakentästä.
QM ja MM simulaatiot yhdistettiin glyserolista saatuun kokeelliseen termodynaamiseen dataan, jota käytettiin kohdedatana parametrien optimoinnissa.
Parametrejä optimoitiin lisäksi pyrkien kuvaamaan puhtaiden DMPG- ja POPG-lipidikaksoiskerrosten rakenteellisia, dynaamisia ja elastisia ominaisuuksia.
Tiivistelmä (eng): Phosphatidylglycerols (PG)s are anionic lipids abundant both in prokaryotic membranes and in the chloroplast membrane of plants.
In humans and animals PG lipids occur in minor amounts in pulmonary lung surfactants, blood cells and mitochondrial membranes.
Similar to other negatively-charged phospholipids, PG has a very complex phase-behaviour: the phase transitions and structural organization of PG are affected both by temperature, pH, and concentration of mono- and divalent cations.
Furthermore, the glycerol moiety of the PG headgroup has a complex conformational space in aqueous media, because of the presence of vicinal hydroxyl groups that are capable of of stabilizing various conformers through hydrogen bonds (H-bonds).

In this work a novel united-atom force field is constructed for PG lipids as a part of the ongoing development of a large, consistent lipid force field library.
The torsional and partial atomic charge parameters were calculated based on high-level ab-initio quantum mechanical (QM) calculations with semi-empirical molecular mechanics (MM) studies.
The Lennard-Jones parameters were taken from the OPLS-UA force field developed by Jorgensen.
The QM and MM simulations were combined with experimental thermodynamic data of glycerol as target data for parameter optimization.
The parameters were further optimized to reproduce the structural, dynamic and elastic properties of pure DMPG and POPG lipid bilayers.
ED:2012-06-06
INSSI tietueen numero: 44671
+ lisää koriin
« edellinen | seuraava »
INSSI