search query: @keyword NMR / total: 12
reference: 6 / 12
« previous | next »
Author:Kangas, Antti J.
Title:Automated analysis of serum 1H NMR spectra
Seerumin sup>1H NMR spektrien automaattinen analysointi
Publication type:Master's thesis
Publication year:2009
Pages:70      Language:   eng
Department/School:Lääketieteellisen tekniikan ja laskennallisen tieteen laitos
Main subject:Lääketieteellinen tekniikka   (Tfy-99)
Supervisor:Kaski, Kimmo
Instructor:Ala-Korpela, Mika
OEVS:
Electronic archive copy is available via Aalto Thesis Database.
Instructions

Reading digital theses in the closed network of the Aalto University Harald Herlin Learning Centre

In the closed network of Learning Centre you can read digital and digitized theses not available in the open network.

The Learning Centre contact details and opening hours: https://learningcentre.aalto.fi/en/harald-herlin-learning-centre/

You can read theses on the Learning Centre customer computers, which are available on all floors.

Logging on to the customer computers

  • Aalto University staff members log on to the customer computer using the Aalto username and password.
  • Other customers log on using a shared username and password.

Opening a thesis

  • On the desktop of the customer computers, you will find an icon titled:

    Aalto Thesis Database

  • Click on the icon to search for and open the thesis you are looking for from Aaltodoc database. You can find the thesis file by clicking the link on the OEV or OEVS field.

Reading the thesis

  • You can either print the thesis or read it on the customer computer screen.
  • You cannot save the thesis file on a flash drive or email it.
  • You cannot copy text or images from the file.
  • You cannot edit the file.

Printing the thesis

  • You can print the thesis for your personal study or research use.
  • Aalto University students and staff members may print black-and-white prints on the PrintingPoint devices when using the computer with personal Aalto username and password. Color printing is possible using the printer u90203-psc3, which is located near the customer service. Color printing is subject to a charge to Aalto University students and staff members.
  • Other customers can use the printer u90203-psc3. All printing is subject to a charge to non-University members.
Location:P1 Ark TF80     | Archive
Keywords:NMR
spectroscopy
metabonomics
line shape fitting
PERCH
computational medicine
NMR
spektroskopia
metabonomiikka
viivanmuotosovitus
PERCH
laskennallinen lääketiede
Abstract (eng): Many diseases, such as atherosclerosis, type 2 diabetes, the metabolic syndrome and even Alzheimer's disease, which are prevalent in the Western culture, are related to distractions in lipid and lipoprotein metabolism.
The urge to gain understanding and even control of these diseases has been a great motivator for metabonomics research - an emerging field, which lays ground for this thesis.

Metabonomics is defined as quantitative observation of metabolic responses to (patho)physiological stimuli or genetic modification in a biological system.
Here, the quantitative observations relate to metabolites in body fluids or tissues.
In this work, the focus is on detecting metabolites in human serum by 1H NMR spectroscopy.
Getting biological information out of serum spectra can be done by means of mathematical line shape fitting.
Traditional way of manually fitting the model for every sample has become too tedious and slow as the sample sizes in metabonomics studies have dramatically increased in recent years.

In this thesis, a software for automated line shape fitting analysis is introduced.
The software includes additional functionality for handling collections of spectral data and combining them with the related biological metadata and finally, some tools for quick visualisation of the results.
The software is then used to develop a line shape fitting model to quantify metabolites from (particularly) 1H NMR spectra of serum.
Finally, the model is tested with a validation dataset.
Abstract (fin): Monet länsimaisessa kulttuurissa yleiset sairaudet, kuten ateroskleroosi, tyypin 2 diabetes, metabolinen syndrooma ja jopa Alzheimerin tauti ovat tiukasti kytköksissä elimistön lipidi- ja lipoproteiiniaineenvaihduntaan.
Pyrkimys parantaa ja ymmärtää näitä sairauksia on toiminut suurena motivaattorina metabonomiikkatutkimukselle, jonka piiriin tämäkin työ kuuluu.
Metabonomiikka on määritelmän mukaan fysiologisten ärsykkeiden ja geneettisten muutosten aiheuttamien vasteiden kvantitatiivista havainnointia biologisessa systeemissä.
Kvantitatiivinen havainnointi tarkoittaa aineenvaihduntaan liittyvien partikkelien ja molekyylien, metaboliittien, pitoisuuksien mittaamista ruumiinnesteistä tai kudoksista.

Tässä työssä käsitellään seerumin metaboliittien havainnointia 1H NMR spektroskopian avulla.
Seeruminäytteestä saatujen spektrien muuttaminen biologiseksi informaatioksi voidaan toteuttaa matemaattisesti viivanmuotosovituksen avulla.
Viivanmuotosovitus on kuitenkin manuaalisesti tehtynä hyvin hidasta ja nykyaikaisen metabonomiikkatutkimuksen aineistojen kasvaessa kymmeniintuhansiin näytteisiin, on välttämätöntä kehittää automaattisia menetelmiä analyysien tekemiseen.

Diplomityössä esitellään ohjelmisto, jonka avulla viivanmuotosovitus voidaan automatisoida.
Ohjelmisto sisältää toimintoja myös spektriaineiston ja siihen liittyvän metadatan hallintaan sekä spektreistä saadun informaation visualisointiin.
Ohjelmiston avulla luodaan lisäksi viivanmuotosovitusmalli metaboliittien kvantitoimiseksi 1H NMR -spektristä.
Lopuksi mallia ja ohjelmistoa testataan validointidatajoukolla.
ED:2009-08-27
INSSI record number: 38178
+ add basket
« previous | next »
INSSI