search query: @keyword gene expression / total: 13
reference: 11 / 13
Author: | Ajanki, Antti |
Title: | Geenisäätelyn mallinnus tilanneriippuvilla Bayes-verkoilla |
Modeling of gene regulation with context dependent Bayesian networks | |
Publication type: | Master's thesis |
Publication year: | 2006 |
Pages: | 87 Language: fin |
Department/School: | Sähkö- ja tietoliikennetekniikan osasto |
Main subject: | Informaatiotekniikka (T-61) |
Supervisor: | Kaski, Samuel |
Instructor: | Nikkilä, Janne |
OEVS: | Electronic archive copy is available via Aalto Thesis Database.
Instructions Reading digital theses in the closed network of the Aalto University Harald Herlin Learning CentreIn the closed network of Learning Centre you can read digital and digitized theses not available in the open network. The Learning Centre contact details and opening hours: https://learningcentre.aalto.fi/en/harald-herlin-learning-centre/ You can read theses on the Learning Centre customer computers, which are available on all floors.
Logging on to the customer computers
Opening a thesis
Reading the thesis
Printing the thesis
|
Location: | P1 Ark S80 | Archive |
Keywords: | Bayesian networks structure learning gene expression Bayes-verkko rakennehaku geenien ilmentyminen |
Abstract (fin): | Solut tulevat toimeen useissa erilaisissa olosuhteissa, koska niiden toimintaa ohjaavien geenien ilmentymisaktiivisuus voi muuttua ympäristöstä tulevien signaalien tai toisten geenien tuottamien proteiinien vaikutuksen perusteella. Geenien väliset säätelysuhteet määräävät solun käyttäytymisen. Säätelyverkoston koko ja monimutkaisuus tekevät sen selvittämisestä haastavan ongelman. Todennäköisyyslaskentaan perustuvat Bayes-verkot ovat eräs yleisesti käytetty esitystapa geenien säätelysuhteiden matemaattiseen mallintamiseen. Niille on olemassa opetusalgoritmeja, jotka etsivät mitattuihin ilmentymisprofiileihin parhaiten sopivan verkon. Opitun verkon rakenne voidaan tulkita geenien säätelyverkoksi. Yleensä Bayes-verkkojen opetusmenetelmät olettavat, että kaikki havainnot on tehty samoissa olosuhteissa. Jos halutaan tutkia miten säätelyvuorovaikutukset muuttuvat olosuhteiden välillä, eräs tapa olisi opettaa erilliset verkot kuvaamaan eri olosuhteiden havaintoja ja verrata opittuja verkkoja keskenään. Silloin kunkin verkon opetukseen olisi kuitenkin käytettävissä vain osa opetusnäytteistä, mikä saattaisi johtaa ylisovittumiseen. Tämä työ esittelee verkkorakenteen ja opetusalgoritmin, joita voidaan käyttää säätelyerojen etsimiseen. Näytteen mittausolosuhde huomioidaan itsenäisenä luokkamuuttujana. Uutta työssä on tapa, jolla luokkaa käytetään määräämään solmujen jakaumien riippuvuudet. Se helpottaa opitun verkon tulkintaa. Luokkamuuttujan ansiosta kaikki riippuvuudet voidaan esittää yhdessä verkossa, jonka opetukseen voidaan käyttää kaikkia havaintoja. Esiteltävä opetusalgoritmi löytää automaattisesti ne verkon osat, joissa on eroja luokkien välillä. Työssä osoitetaan keinotekoisia opetusnäytteitä käyttäen, että ehdotettu opetusalgoritmi tuottaa paremmin oikeaa vastaavia verkkoja kuin oman verkon opettaminen erikseen joka olosuhteelle. Menetelmää sovelletaan stressaavien olosuhteiden aiheuttamien säätelyerojen etsimiseen hiivassa. |
ED: | 2007-01-10 |
INSSI record number: 32853
+ add basket
INSSI