search query: @keyword bioinformatics / total: 17
reference: 14 / 17
« previous | next »
Author:Lahdenperä, Maria
Title:A Tool for predicting protein-protein interactions through cross-species comparisons
Sovellus proteiinien välisten vuorovaikutusten ennustamiseksi vertailevaa genomiikkaa käyttäen
Publication type:Master's thesis
Publication year:2005
Pages:78 s. + liitt.      Language:   eng
Department/School:Automaatio- ja systeemitekniikan osasto
Main subject:Laskennallinen tekniikka   (S-114)
Supervisor:Kaski, Kimmo
Instructor:Mäkelä, Tomi
OEVS:
Electronic archive copy is available via Aalto Thesis Database.
Instructions

Reading digital theses in the closed network of the Aalto University Harald Herlin Learning Centre

In the closed network of Learning Centre you can read digital and digitized theses not available in the open network.

The Learning Centre contact details and opening hours: https://learningcentre.aalto.fi/en/harald-herlin-learning-centre/

You can read theses on the Learning Centre customer computers, which are available on all floors.

Logging on to the customer computers

  • Aalto University staff members log on to the customer computer using the Aalto username and password.
  • Other customers log on using a shared username and password.

Opening a thesis

  • On the desktop of the customer computers, you will find an icon titled:

    Aalto Thesis Database

  • Click on the icon to search for and open the thesis you are looking for from Aaltodoc database. You can find the thesis file by clicking the link on the OEV or OEVS field.

Reading the thesis

  • You can either print the thesis or read it on the customer computer screen.
  • You cannot save the thesis file on a flash drive or email it.
  • You cannot copy text or images from the file.
  • You cannot edit the file.

Printing the thesis

  • You can print the thesis for your personal study or research use.
  • Aalto University students and staff members may print black-and-white prints on the PrintingPoint devices when using the computer with personal Aalto username and password. Color printing is possible using the printer u90203-psc3, which is located near the customer service. Color printing is subject to a charge to Aalto University students and staff members.
  • Other customers can use the printer u90203-psc3. All printing is subject to a charge to non-University members.
Location:P1 Ark TKK  6697   | Archive
Keywords:protein-protein interaction
prediction
predicted interactome
interolog
comparative genomics
bioinformatics
systems biology
proteiini-proteiini interaktio
proteiini
vuorovaikutus
ennustaminen
vertaileva genomiikka
bioinformatiikka
laskennallinen systeemibiologia
Abstract (fin): Proteiinien keskinäisten vuorovaikutusten selvittäminen on tärkeää biologisten prosessien ymmärtämiseksi.
Laajamittainen koko genomista tuotettavien proteiinien selvitys alkoi kymmenisen vuotta sitten ensimmäisten sekvenointiprojektien valmistuttua.
Proteiinien suoria vuorovaikutuksia keskenään koko proteomin laajuudelta on tutkittu vasta vuoden 2000 jälkeen, jolloin ensimmäiset tulokset hiivan (S. cerevisiae) osalta julkaistiin.
Tällä hetkellä on olemassa vastaavaa laajamittaista aineistoa myös banaanikärpäsestä (D. melanogaster) ja sukkulamadosta (C. elegans).
Ihmisen ja muiden nisäkkäiden osalta proteiinien välisistä vuorovaikutuksista ei ole vastaavaa laajamittaista aineistoa.

Työssä on kehitetty sovellus, jolla voidaan ennustaa proteiinien välisiä vuorovaikutuksia malliorganismeista olevaa laajamittaista aineistoa käyttäen ihmisen, hiiren ja malliorganismien proteiineille.
Tällainen tietämyksen siirto voidaan tehdä, koska on mahdollista perustella, että malliorganismeissa toisiinsa sitoutuville proteiineille löytyy vastineet l. ortologit muissa lajeissa, kuten ihmisessä.
Näin saatua hypoteettista interaktiotietoa voidaan käyttää biologisten tai bioinformatiivisten tutkimusten pohjana tai priorisoinnin tukena.

Sovellus on toteutettu web-pohjaisena ja se sisältää toteutukset sekä käyttöliittymälle että hakualgoritmille.
Työssä käytetty tutkimusaineisto, sekä proteiinien vuorovaikutuksista, että ortologeista on kerätty julkisista tietokannoista.
ED:2005-05-09
INSSI record number: 28772
+ add basket
« previous | next »
INSSI