search query: @keyword bioinformatics / total: 17
reference: 9 / 17
« previous | next »
Author:Huovilainen, Olli-Pekka
Title:Aktiivisten DNA-muutosten seulonta riippuvuusmalleilla
Screening of active DNA changes with dependency modelling
Publication type:Master's thesis
Publication year:2010
Pages:[8] + 38      Language:   fin
Department/School:Automaatio- ja systeemitekniikan laitos
Main subject:Informaatiotekniikka   (T-61)
Supervisor:Kaski, Samuel
Instructor:Lahti, Leo
Electronic version URL: http://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-201203131465
OEVS:
Electronic archive copy is available via Aalto Thesis Database.
Instructions

Reading digital theses in the closed network of the Aalto University Harald Herlin Learning Centre

In the closed network of Learning Centre you can read digital and digitized theses not available in the open network.

The Learning Centre contact details and opening hours: https://learningcentre.aalto.fi/en/harald-herlin-learning-centre/

You can read theses on the Learning Centre customer computers, which are available on all floors.

Logging on to the customer computers

  • Aalto University staff members log on to the customer computer using the Aalto username and password.
  • Other customers log on using a shared username and password.

Opening a thesis

  • On the desktop of the customer computers, you will find an icon titled:

    Aalto Thesis Database

  • Click on the icon to search for and open the thesis you are looking for from Aaltodoc database. You can find the thesis file by clicking the link on the OEV or OEVS field.

Reading the thesis

  • You can either print the thesis or read it on the customer computer screen.
  • You cannot save the thesis file on a flash drive or email it.
  • You cannot copy text or images from the file.
  • You cannot edit the file.

Printing the thesis

  • You can print the thesis for your personal study or research use.
  • Aalto University students and staff members may print black-and-white prints on the PrintingPoint devices when using the computer with personal Aalto username and password. Color printing is possible using the printer u90203-psc3, which is located near the customer service. Color printing is subject to a charge to Aalto University students and staff members.
  • Other customers can use the printer u90203-psc3. All printing is subject to a charge to non-University members.
Location:P1 Ark Aalto  6956   | Archive
Keywords:canonical correlation analysis
dependency models
functional genomics
machine learning
bioinformatics
cancer research
kanoninen korrelaatioanalyysi
riippuvuusmallit
toiminnallinen genomiikka
koneoppiminen
bioinformatiikka
syöpätutkimus
Abstract (eng): The development of cancer is associated with genetic abnormalities in genes which have a function in cell growth, division, or death.
Mutations of these cancer associated genes cause changes in gene activity in cancer cells.
Mutations and gene activities can be measured with microarrays.
These copy number and expression measurements can be used locate cancer associated genes.

This thesis studies the use of probabilistic canonical correlation analysis based dependency models for detecting cancer associated genes.
In this method, the search is performed by examining associations between copy number and expression measurements with dependency models within each genes neighbourhood.
These dependency models enable the useage of priori knowledge by constraining the examined dependency.
Constraining can be applied to the search of cancer associated genes with the priori knowledge of location dependencies of copy number and expression changes.
This was used to restrict the modelled dependencies to within genes measurements.
This reduced the overfitting caused by small sample size.
The restriction improved the method considerably.
An optimum for the method was found when a small freedom was allowed from the restriction.
The search of cancer associated genes with dependency models was implemented as an open source application.

The effectiveness of the method was compared to other methods intended for the analyzation of dependencies between copy number and expression measurements.
The method of using constrained dependency modelling was found to perform considerably better than any other compared method.
The method implemented in this thesis is the best method for searching of cancer associated genes according to the results.
Abstract (fin): Syövän kehittymiseen liittyy geneettiset muutokset useissa solun kasvuun, jakautumiseen tai kuolemaan liittyvissä geeneissä.
Näissä syöpään liittyvissä geeneissä mutaatiot aiheuttavat muutoksia geenin aktiivisuudessa syöpäsoluissa.
Sekä mutaatioita että geenien aktiivisuuksia voidaan mitata geenisiruilla.
Näiden kopioluku- ja ilmentymämittausten avulla voidaan etsiä syöpään liittyviä geenejä.

Tässä työssä tutkittiin todennäköisyysperusteiseen kanoniseen korrelaatioanalyysiin perustuvien riippuvuusmallien käyttämistä syöpägeenien etsimisessä.
Tässä menetelmässä etsintä tehdään tutkimalla kopioluku- ja ilmentymämittauksien yhteyksiä riippuvuusmalleilla kunkin geenin ympäristössä.
Nämä riippuvuusmallit mahdollistavat myös etukäteistiedon hyväksikäytön rajoittamalla tutkittava riippuvuutta.
Syöpägeenien etsinnässä voidaan käyttää etukäteistietona syöpägeeneihin liittyvän kopioluku- ja ilmentymämuutoksien paikkariippuvuutta.
Tällä rajoitettiin menetelmän etsimä riippuvuus vain saman geenin mittausten välille.
Tämä pienensi pienestä näytemäärästä johtuvaa mallin ylisovitusta.
Rajoitettujen riippuvuusmallien käyttö paransi menetelmän toimivuutta selkeästi.
Menetelmän todettiin toimivan parhaiten sallimalla pieni vapaus rajoitukselle.
Työssä toteutettiin avoimen lähdekoodin sovellus syöpägeenien etsimiseen riippuvuusmalleilla.

Menetelmän toimivuutta verrattiin muihin ilmentymä- ja kopiolukumittausten riippuvuuksien tutkimiseen tarkoitettuihin menetelmiin.
Rajoitettuihin riippuvuusmalleihin perustuvan menetelmän todettiin toimivan paljon paremmin syöpägeenien etsinnässä kuin muut verratut menetelmät.
Tässä työssä toteutettu menetelmä on saatujen tulosten perusteella paras menetelmä syöpägeenien etsinnässä kopioluku- ja ilmentymämittauksilla.
ED:2010-08-16
INSSI record number: 40111
+ add basket
« previous | next »
INSSI