search query: @keyword yhdistäminen / total: 4
reference: 2 / 4
« previous | next »
Author:Hallivuori, Leena
Title:Creating Tools to Import and Edit Biological Systems Data
Työkalujen luominen systeemibiologisen datan siirtämiseen ja muokkaamiseen
Publication type:Master's thesis
Publication year:2006
Pages:85      Language:   eng
Department/School:Tietotekniikan osasto
Main subject:Laskennallinen tekniikka   (S-114)
Supervisor:Kaski, Kimmo
Instructor:Törmä, Anssi
OEVS:
Electronic archive copy is available via Aalto Thesis Database.
Instructions

Reading digital theses in the closed network of the Aalto University Harald Herlin Learning Centre

In the closed network of Learning Centre you can read digital and digitized theses not available in the open network.

The Learning Centre contact details and opening hours: https://learningcentre.aalto.fi/en/harald-herlin-learning-centre/

You can read theses on the Learning Centre customer computers, which are available on all floors.

Logging on to the customer computers

  • Aalto University staff members log on to the customer computer using the Aalto username and password.
  • Other customers log on using a shared username and password.

Opening a thesis

  • On the desktop of the customer computers, you will find an icon titled:

    Aalto Thesis Database

  • Click on the icon to search for and open the thesis you are looking for from Aaltodoc database. You can find the thesis file by clicking the link on the OEV or OEVS field.

Reading the thesis

  • You can either print the thesis or read it on the customer computer screen.
  • You cannot save the thesis file on a flash drive or email it.
  • You cannot copy text or images from the file.
  • You cannot edit the file.

Printing the thesis

  • You can print the thesis for your personal study or research use.
  • Aalto University students and staff members may print black-and-white prints on the PrintingPoint devices when using the computer with personal Aalto username and password. Color printing is possible using the printer u90203-psc3, which is located near the customer service. Color printing is subject to a charge to Aalto University students and staff members.
  • Other customers can use the printer u90203-psc3. All printing is subject to a charge to non-University members.
Location:P1 Ark Aalto     | Archive
Keywords:systems biology
tools
databases
integration
simulation
systeemibiologia
työkalut
tietokannat
yhdistäminen
simulointi
Abstract (fin):Tässä diplomityössä käsitellään malleja, ohjelmia ja tietokantoja systeemibiologiassa.
Tämä diplomityö koostuu kirjallisuuskatsauksesta ja toteutusosasta.

Kirjallisuuskatsauksessa esitetään tarpeellinen taustatieto systeemibiologiasta ja niistä haasteista, jotka mallien esitys ja käyttö aiheuttavat.
Kirjallisuusosassa pohditaan systeemibiologiaa tieteenalana ja alan erikoispiirteitä.
Lisäksi mietitään, miten systeemibiologisia malleja esitetään tällä hetkellä ja miten ne pitäisi esittää.
Valittu joukko työkaluja, joita voidaan käyttää mallien saamiseksi esitellään.
Lisäksi tutustutaan muutamaan tietokantaan, joissa säilytetään ja jaetaan systeemibiologian malleja.

Toteutusosassa käsitellään kolmea tietokoneohjelmaa, jotka on toteutettu tämän diplomityön puitteissa käytettäviksi systeemibiologisen datan siirtämiseen ja muokkaamiseen.
Integrator, ohjelmisto systeemibiologian tutkimukseen, on huomion kohteena.
Tämän diplomityön puitteissa Integraattoriin luotiin kolme uutta tietokoneohjelmaa.
Nämä ovat Systems Biology Markup Language (SBML)-parseri, jolla voidaan tuoda systeemibiologian malleja Integrator ympäristöön, Kineettisten lakien muokkaaja, jolla voidaan muunnella malleja tehokkaasti ja käyttäjän kannalta helpommin sekä Datasettien muokkaaja simulaatioiden alkuarvojen asettamiseen ja tulosten tulkintaan.

Kaksi Mitogen Activated Protein Kinase (MAPK)-kaskadi mallin simulaatiota replikoidaan käyttämällä SBML-formaatissa olevaa mallia, joka on haettu BioModels tietokannasta.
Malli tuodaan Integrator ympäristöön SMBL-parserilla.
Kineettisten lakien muokkaajaa käytetään mallin muuntelemiseen simulaatioiden välissä.
Datasettien muokkaajaa käytetään alkuarvojen asettamiseen ja tulosten näkemiseen.
ED:2006-09-12
INSSI record number: 32371
+ add basket
« previous | next »
INSSI