search query: @keyword yhdistäminen / total: 4
reference: 2 / 4
Author: | Hallivuori, Leena |
Title: | Creating Tools to Import and Edit Biological Systems Data |
Työkalujen luominen systeemibiologisen datan siirtämiseen ja muokkaamiseen | |
Publication type: | Master's thesis |
Publication year: | 2006 |
Pages: | 85 Language: eng |
Department/School: | Tietotekniikan osasto |
Main subject: | Laskennallinen tekniikka (S-114) |
Supervisor: | Kaski, Kimmo |
Instructor: | Törmä, Anssi |
OEVS: | Electronic archive copy is available via Aalto Thesis Database.
Instructions Reading digital theses in the closed network of the Aalto University Harald Herlin Learning CentreIn the closed network of Learning Centre you can read digital and digitized theses not available in the open network. The Learning Centre contact details and opening hours: https://learningcentre.aalto.fi/en/harald-herlin-learning-centre/ You can read theses on the Learning Centre customer computers, which are available on all floors.
Logging on to the customer computers
Opening a thesis
Reading the thesis
Printing the thesis
|
Location: | P1 Ark Aalto | Archive |
Keywords: | systems biology tools databases integration simulation systeemibiologia työkalut tietokannat yhdistäminen simulointi |
Abstract (fin): | Tässä diplomityössä käsitellään malleja, ohjelmia ja tietokantoja systeemibiologiassa. Tämä diplomityö koostuu kirjallisuuskatsauksesta ja toteutusosasta. Kirjallisuuskatsauksessa esitetään tarpeellinen taustatieto systeemibiologiasta ja niistä haasteista, jotka mallien esitys ja käyttö aiheuttavat. Kirjallisuusosassa pohditaan systeemibiologiaa tieteenalana ja alan erikoispiirteitä. Lisäksi mietitään, miten systeemibiologisia malleja esitetään tällä hetkellä ja miten ne pitäisi esittää. Valittu joukko työkaluja, joita voidaan käyttää mallien saamiseksi esitellään. Lisäksi tutustutaan muutamaan tietokantaan, joissa säilytetään ja jaetaan systeemibiologian malleja. Toteutusosassa käsitellään kolmea tietokoneohjelmaa, jotka on toteutettu tämän diplomityön puitteissa käytettäviksi systeemibiologisen datan siirtämiseen ja muokkaamiseen. Integrator, ohjelmisto systeemibiologian tutkimukseen, on huomion kohteena. Tämän diplomityön puitteissa Integraattoriin luotiin kolme uutta tietokoneohjelmaa. Nämä ovat Systems Biology Markup Language (SBML)-parseri, jolla voidaan tuoda systeemibiologian malleja Integrator ympäristöön, Kineettisten lakien muokkaaja, jolla voidaan muunnella malleja tehokkaasti ja käyttäjän kannalta helpommin sekä Datasettien muokkaaja simulaatioiden alkuarvojen asettamiseen ja tulosten tulkintaan. Kaksi Mitogen Activated Protein Kinase (MAPK)-kaskadi mallin simulaatiota replikoidaan käyttämällä SBML-formaatissa olevaa mallia, joka on haettu BioModels tietokannasta. Malli tuodaan Integrator ympäristöön SMBL-parserilla. Kineettisten lakien muokkaajaa käytetään mallin muuntelemiseen simulaatioiden välissä. Datasettien muokkaajaa käytetään alkuarvojen asettamiseen ja tulosten näkemiseen. |
ED: | 2006-09-12 |
INSSI record number: 32371
+ add basket
INSSI