search query: @instructor Koskinen, Mikko / total: 4
results-list
reference: 3 / 4
« previous | next »
Author:Niskala, Silke
Title:Developing Multiplex Real-Time Quantitative PCR Assay for Diagnosis of Major Mastitis Pathogens
Reaaliaikaisen kvantitatiivisen multipleksi PCR menetelmän kehittäminen tärkeimpien mastiittipatogeenien tunnistamiseksi
Publication type:Master's thesis
Publication year:2008
Pages:viii + 91 s. + liitt.      Language:   eng
Department/School:Biotekniikan ja kemian tekniikan laitos
Main subject:Biokemia ja mikrobiologia   (Kem-30)
Supervisor:Nordström, Katrina
Instructor:Koskinen, Mikko
OEVS:
Electronic archive copy is available via Aalto Thesis Database.
Instructions
close

Reading digital theses in the closed network of the Aalto University Harald Herlin Learning Centre

In the closed network of Learning Centre you can read digital and digitized theses not available in the open network.

The Learning Centre contact details and opening hours: https://learningcentre.aalto.fi/en/harald-herlin-learning-centre/

You can read theses on the Learning Centre customer computers, which are available on all floors.

Logging on to the customer computers

  • Aalto University staff members log on to the customer computer using the Aalto username and password.
  • Other customers log on using a shared username and password.

Opening a thesis

  • On the desktop of the customer computers, you will find an icon titled:

    Aalto Thesis Database

  • Click on the icon to search for and open the thesis you are looking for from Aaltodoc database. You can find the thesis file by clicking the link on the OEV or OEVS field.

Reading the thesis

  • You can either print the thesis or read it on the customer computer screen.
  • You cannot save the thesis file on a flash drive or email it.
  • You cannot copy text or images from the file.
  • You cannot edit the file.

Printing the thesis

  • You can print the thesis for your personal study or research use.
  • Aalto University students and staff members may print black-and-white prints on the PrintingPoint devices when using the computer with personal Aalto username and password. Color printing is possible using the printer u90203-psc3, which is located near the customer service. Color printing is subject to a charge to Aalto University students and staff members.
  • Other customers can use the printer u90203-psc3. All printing is subject to a charge to non-University members.
Location:P1 Ark TKK  5008   | Archive
Abstract (fin): PCR pohjaisten menetelmien käyttö utaretulehduspatogeenien diagnostiikassa sekä nopeuttaa, että lisää herkkyyttä ja luotettavuutta verrattuna perinteisiin viljelymenetelmiin.
Tämän työn tarkoituksena oli kehittää reaaliaikaiseen kvantitatiiviseen PCR menetelmään perustuva multipleksi-PCR analyysimenetelmä tärkeimpien utaretulehdus- eli mastiittipatogeenien sekä beta-laktamaasia koodaavan antibiootiresistenssigeenin tunnistamiseksi.

Työn kirjallisuusosassa tarkasteltiin eri mastiittia aiheuttavia mikrobeja, niiden esiintyvyyttä, mastiitin hoitomenetelmiä sekä sairauden taloudellisia vaikutuksia.
Näiden ohella käsiteltiin erilaisia utaretulehduspatogeenien diagnosointiin käytettyjä menetelmiä.

Kokeellisessa osiossa esiteltiin multipleksi menetelmän kehitysprosessi.
Reaaliaikaisessa kvantitatiivisessa multipleksi-PCR menetelmässä samassa PCR reaktiossa monistetaan useita eri kohdesekvenssejä, ja reaktioiden etenemistä voidaan seurata reaaliajassa.
Tässä työssä valittiin samassa PCR reaktiossa tunnistettaviksi patogeeneiksi ensimmäiseen multipleksiin Staphylococcus aureus, Corynebacterium bovis ja Enterokokit sekä toiseen multipleksiin Stafylokokit, Streptococcus uberis ja Streptococcus agalactiae.
Kolmanteen multipleksiin valittiin beta-laktamaasi geeni, Streptococcus dysgalactiae ja Escherichia coli, ja neljänteen Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae, Arcanobacterium pyogenes, Peptostreptococcus indolicus ja Serratia marcescens.
Lisäksi työhön sisältyi PCR reaktiokomponenttien pitoisuuden optimointia ja PCR protokollan optimointia.
Polymeraasientsyymin pitoisuuden nostamisen huomattiin vaikuttavan suotuisasti multipleksi PCR reaktioihin.
PCR protokollan optimoinnissa keskityttiin denaturaatioajan ja yhdistetyn alukkeiden hybridisaatio- ja ekstensioajan optimointiin.
Sopivaksi denaturaatioajaksi pääteltiin 15 s ja liittymis- ja ekstensioajaksi 60 s.

Menetelmän kehittäminen onnistui odotusten mukaisesti.
Haluttujen kohdesekvenssien monistaminen samassa PCR reaktiossa toimi hyvin ja testit mastiittimaitonäytteillä osoittivat tulosten olevan samankaltaisia sekä kehitetyllä multipleksi menetelmällä, että aiemmin käytetyllä tavanomaisella reaaliaikaisella kvantitatiivisella PCR menetelmällä.
ED:2008-06-02
INSSI record number: 35708
+ add basket
« previous | next »
INSSI