search query: @keyword Trichoderma reesei / total: 4
results-list
reference: 3 / 4
« previous | next »
Author:Kaija, Jenni
Title:Development of tools for intracellular pH measurement in yeast and fungi
Hiivan ja homeiden solunsisäisten pH-arvojen mittausmenetelmien kehitys
Publication type:Master's thesis
Publication year:2011
Pages:vii + 74 + [4]      Language:   eng
Department/School:Biotekniikan ja kemian tekniikan laitos
Main subject:Bioprosessitekniikka   (Kem-70)
Supervisor:Leisola, Matti
Instructor:Valkonen, Mari
OEVS:
Electronic archive copy is available via Aalto Thesis Database.
Instructions
close

Reading digital theses in the closed network of the Aalto University Harald Herlin Learning Centre

In the closed network of Learning Centre you can read digital and digitized theses not available in the open network.

The Learning Centre contact details and opening hours: https://learningcentre.aalto.fi/en/harald-herlin-learning-centre/

You can read theses on the Learning Centre customer computers, which are available on all floors.

Logging on to the customer computers

  • Aalto University staff members log on to the customer computer using the Aalto username and password.
  • Other customers log on using a shared username and password.

Opening a thesis

  • On the desktop of the customer computers, you will find an icon titled:

    Aalto Thesis Database

  • Click on the icon to search for and open the thesis you are looking for from Aaltodoc database. You can find the thesis file by clicking the link on the OEV or OEVS field.

Reading the thesis

  • You can either print the thesis or read it on the customer computer screen.
  • You cannot save the thesis file on a flash drive or email it.
  • You cannot copy text or images from the file.
  • You cannot edit the file.

Printing the thesis

  • You can print the thesis for your personal study or research use.
  • Aalto University students and staff members may print black-and-white prints on the PrintingPoint devices when using the computer with personal Aalto username and password. Color printing is possible using the printer u90203-psc3, which is located near the customer service. Color printing is subject to a charge to Aalto University students and staff members.
  • Other customers can use the printer u90203-psc3. All printing is subject to a charge to non-University members.
Location:P1 Ark Aalto  1963   | Archive
Keywords:intracellular pH
saccharomyces cerevisiae
trichoderma reesei
fluorescence microscopy
spectrofluorometry
ratiometric probe
pHluorin
D-xylonate
L-galactonate
solunsisäinen pH
fluoresenssimikroskopia
spektrofluorometria
ratiometrinen koetin
pHluorin
RaVC
D-ksylonaatti
L-galaktonaatti
Abstract (eng): The aim of this work was to optimize tools for intracellular pH (pHi) measurement in yeast Saccharomyces cerevisiae and filamentous fungus Trichoderma reesei using genetically encoded ratiometric pH probes, pHluorin and RaVC.
The pH probe was expressed in control strains and strains that are known to produce different acids in the culture medium: in a S. cerevisiae D-xylonate producing strain, a T. reesei L-galactonate producing strain and a T. reesei 2-keto-3-deoxy-L-galactonate producing strain.
Measurement of the pHi was done with living cells using two in vivo methods: imaging and measuring the cytoplasmic pH of single cells using a standard fluorescence microscope (FM), and measuring the cytoplasmic pH of the cell populations using a spectrofluorometer (SFM).
It has been shown that the acids accumulate in the cytoplasm and in this work it was studied, if there were differences in cytoplasmic pH in acid producing and control strains.

The method measuring pHi with the FM could be optimized to the level that the pH could be measured.
Better accuracy was achieved with the spectrofluorometric method which worked well with S. cerevisiae strains.
The pKa value of RaVC measured with the FM was 7.0±0.2.
The pKa value of pHluorin measured with the FM was 7.3±0.1 and with the SFM 7.1±0.1.
The excitation maxima of pHluorin were measured with the SFM to be 395 and 475 nm.
The pHi values of the strains were measured without inducing acid production.
The pHi of the S. cerevisiae control strain was 6.4±0.5 and the pHi of D-xylonate producing strain was 6.6±0.5 when measured with the FM and respectively, 6.9±0.2 and 6.9±0.1 when measured with the SFM.
The results indicated that there are no differences between the strains when grown under conditions where there is no intracellular accumulation of D-xylonate in the D-xylonate producing strain.
The pHi of the T. reesei control strain was 7.0±0.3 when measured with the FM.
The pHi of T. reesei has not been published earlier.
Other constants and pHi values corresponded to values in the literature.

In order to measure pHi, different cultivations were conducted in conditions that induced acid production in D-xylonate and L-galactonate producing strains.
The results indicate that the pHi decreases slightly when the acid accumulates in the cells.
The measurement samples in the production conditions proved to be difficult to analyse, although the methods could be optimized.
Variation of the results between the FM and the SFM can be explained by the different measurement techniques, the different characters of the measurement values and the behaviour of the pH probe in the measurement samples.
Abstract (fin): Tämän työn tarkoitus oli optimoida Saccharomyces cerevisiae -hiivan ja Trichoderma reesei -homeen solunsisäisten pH-arvojen (pHi) mittausmenetelmiä käyttäen geneettisesti koodattuja pH-koettimia, pH luorinia ja Ra VC:ta. pH-koetin ilmennettiin kontrollikannoissa ja kannoissa, joiden tiedetään tuottavan erilaisia happoja kasvatusalustaan: D-ksylonaattia tuottavassa S. cerevisiae -hiivakannassa, L-galaktonaattia tuottavassa T. reesei -homekannassa ja 2-keto-3-deoksi-L-galaktonaattia tuottavassa T. reesei -homekannassa. pHi-arvon mittaus tehtiin elävissä soluissa käyttäen kahta in vivo -menetelmää: yksittäisten solujen kuvantaminen ja soluliman pH-arvon mittaaminen käyttäen fluoresenssimikroskooppia (FM) sekä solupopulaatioiden soluliman pH-arvon mittaaminen käyttäen spektrofluorometriä (SFM).
On osoitettu, että hapot kerääntyvät solulimaan ja tässä työssä haluttiin tutkia, oliko happoa tuottavien ja kontrollikantojen soluliman pH-arvoissa eroja.

Solunsisäisen pH-arvon mittausmenetelmä FM:lla pystyttiin optimoimaan tasolle, jotta pHi-arvo pystyttiin mittamaan.
Parempi tarkkuus saavutettiin SFM-menetelmällä, joka toimi hyvin S. cerevisiae -kannoilla.
FM:lla mitattu RaVC:n pKa-arvo oli 7,0±0,2.
FM:lla mitattu pHluorinin pKa-arvo oli 7,3±0,1 ja SFM:llä mitattu arvo oli 7,l±0,1.
SFM:llä mitatut pHluorinin eksitaatiohuiput olivat 395 ja 475 nm.
Kantojen pHi-arvot mitattiin ilman hapon tuoton indusoimista.
S. cerevisiae -hiivan kontrollikannan pHi-arvo oli 6,4±0,5 ja D-ksylonaattia tuottavan kannan pHi-arvo oli 6,6±0,5 mitattuna FM:lla ja vastaavasti 6,9±0,2 ja 6,9±0,1 mitattuna SFM:llä.
Tulokset viittasivat siihen, että kantojen välillä ei ollut eroja, kun kasvatusolosuhteet olivat sellaiset, että D-ksylonaattia ei kertynyt solunsisäisesti sitä tuottavassa kannassa.
T.reesei -homeen kontrollikannan pHi-arvo oli 7,0±0,3 mitattuna FM:lla.
T.reesei -homeen pHi-arvoa ei ole julkaistu aikaisemmin.
Muut vakiot ja pHi-arvot vastasivat kirjallisuusarvoja.

Erilaisia kasvatuksia tehtiin pHi-arvon mittaamista varten kasvatusoloissa, jotka käynnistivät hapon tuoton D-ksylonaattia ja L-galaktonaattia tuottavissa kannoissa.
Tulokset viittasivat siihen, että pHi-arvo laskee, kun happoa kertyy soluihin.
Mittausnäytteet tuotto-olosuhteissa osoittautuivat vaikeaksi analysoida, vaikka menetelmät pystyttiin optimoimaan.
Tulosten vaihtelu FM- ja SFM-menetelmien välillä voidaan selittää erilaisilla mittaustekniikoilla, erilaisilla mittausarvojen luonteilla sekä pH-koettimen käyttäytymisellä mittausnäytteissä.
ED:2011-07-04
INSSI record number: 42606
+ add basket
« previous | next »
INSSI