search query: @keyword lipidi / total: 5
reference: 5 / 5
« previous | next »
Author:Kupiainen, Mikko
Title:Structural Analysis of Lipid Molecules in Cell Membranes by Self-Organizing Maps
Solukalvon lipidimolekyylien rakenneanalyysi itsejärjestyvien karttojen avulla
Publication type:Master's thesis
Publication year:2006
Pages:83      Language:   eng
Department/School:Teknillisen fysiikan ja matematiikan osasto
Main subject:Fysiikka (laskennallinen fysiikka)   (Tfy-105)
Supervisor:Ala-Nissilä, Tapio
Instructor:Vattulainen, Ilpo ; Falck, Emma
OEVS:
Electronic archive copy is available via Aalto Thesis Database.
Instructions

Reading digital theses in the closed network of the Aalto University Harald Herlin Learning Centre

In the closed network of Learning Centre you can read digital and digitized theses not available in the open network.

The Learning Centre contact details and opening hours: https://learningcentre.aalto.fi/en/harald-herlin-learning-centre/

You can read theses on the Learning Centre customer computers, which are available on all floors.

Logging on to the customer computers

  • Aalto University staff members log on to the customer computer using the Aalto username and password.
  • Other customers log on using a shared username and password.

Opening a thesis

  • On the desktop of the customer computers, you will find an icon titled:

    Aalto Thesis Database

  • Click on the icon to search for and open the thesis you are looking for from Aaltodoc database. You can find the thesis file by clicking the link on the OEV or OEVS field.

Reading the thesis

  • You can either print the thesis or read it on the customer computer screen.
  • You cannot save the thesis file on a flash drive or email it.
  • You cannot copy text or images from the file.
  • You cannot edit the file.

Printing the thesis

  • You can print the thesis for your personal study or research use.
  • Aalto University students and staff members may print black-and-white prints on the PrintingPoint devices when using the computer with personal Aalto username and password. Color printing is possible using the printer u90203-psc3, which is located near the customer service. Color printing is subject to a charge to Aalto University students and staff members.
  • Other customers can use the printer u90203-psc3. All printing is subject to a charge to non-University members.
Location:P1 Ark TF80     | Archive
Keywords:self-organizing map
lipid
conformation
itsejärjestyvä kartta
lipidi
konformaatio
Abstract (fin): Solukalvot ympäröivät kaikkia eläviä soluja ja soluelimiä, ja ne ovat siten äärimmäisen tärkeitä rakenteita kaikille elollisille organismeille.
Biomembraanit eivät ole passiivisia rakenteita, vaan niillä on tärkeä rooli muun muassa säätelemässä molekyylien kulkua solun ja sen ympäristön välillä.
Biomembraanin tärkein rakenneosa on lipidikaksoiskerros, joka muodostuu miljardeista yksittäisistä lipidimolekyyleistä.

Lipidimolekyyleillä on useita vapausasteita, ja niitä voi siten kuvata suuri määrä erilaisia konformaatioita.
Lipidimolekyylien konformaatiotilojen oletetaan liittyvän moniin tärkeisiin biomembraanien rakenteellisiin, dynaamisiin ja funktionaalisiin ominaisuuksiin.
Pienestä mittakaavasta johtuen konformaatioiden yksityiskohtaisia ominaisuuksia ei voida tutkia kokeellisesti.
Tietokonesimulaatiot kuitenkin tarjoavat atomitason tietoa konformaatiotilojen käyttäytymisestä.

Tässä työssä on tutkittu itsejärjestyvien karttojen käyttämistä lipidikonformaatioiden analysoimisessa.
Lähtötietona on käytetty molekyylidynamiikkasimulaatiosta saatavaa atomitason dataa.
Työssä on keskitytty menetelmän kehittämiseen, tutkittu koulutusparametrien vaikutusta tulosten laatuun, sekä selvitetty kartan koon vaikutusta lopputulokseen.
Menetelmää on sovellettu 50 nanosekunnin pituisen PLPC-lipidikaksoiskerrossimulaation konformaatioiden tutkimiseen.
Työssä PLPC:n pääryhmän, glyseroliosan ja tyydyttymättömän hiilivetyhännän konformaatioita on tutkittu erikseen.
Tärkeimmät konformaatiotilat sekä tietyt pienemmät yksityiskohdat löytyivät vaivatta jokaisessa tapauksessa.
Työssä on myös tutkittu konformaatioiden dynamiikkaa ja verrattu tuloksia aiempaan tutkimukseen.

Tulokset osoittavat, että itsejärjestyvät kartat ovat suhteellisen yksinkertainen ja luotettava menetelmä, jolla voidaan nopeasti selvittää systeemin tärkeimmät ominaispiirteet kvalitatiivisella tasolla.
Menetelmän käyttö ei vaadi lainkaan ennakkotuntemusta systeemin käyttäytymisestä.

Tulevalle tutkimukselle on monia suuntia.
Menetelmän käyttämän algoritmin toteuttamista voidaan kehittää, mikä mahdollistaisi laajempien systeemien analysoimisen.
Mielenkiintoinen kohde jatkotutkimukselle on tarkastella tässä työssä esitellyillä menetelmillä muita lipidisysteemejä, esimerkiksi monityydyttymättömän lipidihännän käyttäytymistä.
Itsejärjestyviä karttoja voisi myös käyttää eri lipidityyppien välisten vuorovaikutusmekanismien tutkimiseen.
Kohteena voisi olla esimerkiksi fosfolipidin ja kolesterolin vuorovaikutus.
Mielenkiintoista olisi myös käyttää analyysistä saatuja systeemin tärkeimpiä konformaatiotiloja esittämään konformaatiovapausasteita karkeistetussa simulaatiomallissa.
ED:2006-09-27
INSSI record number: 32420
+ add basket
« previous | next »
INSSI