search query: @keyword Self-Organizing Map / total: 55
reference: 11 / 55
Author: | Kupiainen, Mikko |
Title: | Structural Analysis of Lipid Molecules in Cell Membranes by Self-Organizing Maps |
Solukalvon lipidimolekyylien rakenneanalyysi itsejärjestyvien karttojen avulla | |
Publication type: | Master's thesis |
Publication year: | 2006 |
Pages: | 83 Language: eng |
Department/School: | Teknillisen fysiikan ja matematiikan osasto |
Main subject: | Fysiikka (laskennallinen fysiikka) (Tfy-105) |
Supervisor: | Ala-Nissilä, Tapio |
Instructor: | Vattulainen, Ilpo ; Falck, Emma |
OEVS: | Electronic archive copy is available via Aalto Thesis Database.
Instructions Reading digital theses in the closed network of the Aalto University Harald Herlin Learning CentreIn the closed network of Learning Centre you can read digital and digitized theses not available in the open network. The Learning Centre contact details and opening hours: https://learningcentre.aalto.fi/en/harald-herlin-learning-centre/ You can read theses on the Learning Centre customer computers, which are available on all floors.
Logging on to the customer computers
Opening a thesis
Reading the thesis
Printing the thesis
|
Location: | P1 Ark TF80 | Archive |
Keywords: | self-organizing map lipid conformation itsejärjestyvä kartta lipidi konformaatio |
Abstract (fin): | Solukalvot ympäröivät kaikkia eläviä soluja ja soluelimiä, ja ne ovat siten äärimmäisen tärkeitä rakenteita kaikille elollisille organismeille. Biomembraanit eivät ole passiivisia rakenteita, vaan niillä on tärkeä rooli muun muassa säätelemässä molekyylien kulkua solun ja sen ympäristön välillä. Biomembraanin tärkein rakenneosa on lipidikaksoiskerros, joka muodostuu miljardeista yksittäisistä lipidimolekyyleistä. Lipidimolekyyleillä on useita vapausasteita, ja niitä voi siten kuvata suuri määrä erilaisia konformaatioita. Lipidimolekyylien konformaatiotilojen oletetaan liittyvän moniin tärkeisiin biomembraanien rakenteellisiin, dynaamisiin ja funktionaalisiin ominaisuuksiin. Pienestä mittakaavasta johtuen konformaatioiden yksityiskohtaisia ominaisuuksia ei voida tutkia kokeellisesti. Tietokonesimulaatiot kuitenkin tarjoavat atomitason tietoa konformaatiotilojen käyttäytymisestä. Tässä työssä on tutkittu itsejärjestyvien karttojen käyttämistä lipidikonformaatioiden analysoimisessa. Lähtötietona on käytetty molekyylidynamiikkasimulaatiosta saatavaa atomitason dataa. Työssä on keskitytty menetelmän kehittämiseen, tutkittu koulutusparametrien vaikutusta tulosten laatuun, sekä selvitetty kartan koon vaikutusta lopputulokseen. Menetelmää on sovellettu 50 nanosekunnin pituisen PLPC-lipidikaksoiskerrossimulaation konformaatioiden tutkimiseen. Työssä PLPC:n pääryhmän, glyseroliosan ja tyydyttymättömän hiilivetyhännän konformaatioita on tutkittu erikseen. Tärkeimmät konformaatiotilat sekä tietyt pienemmät yksityiskohdat löytyivät vaivatta jokaisessa tapauksessa. Työssä on myös tutkittu konformaatioiden dynamiikkaa ja verrattu tuloksia aiempaan tutkimukseen. Tulokset osoittavat, että itsejärjestyvät kartat ovat suhteellisen yksinkertainen ja luotettava menetelmä, jolla voidaan nopeasti selvittää systeemin tärkeimmät ominaispiirteet kvalitatiivisella tasolla. Menetelmän käyttö ei vaadi lainkaan ennakkotuntemusta systeemin käyttäytymisestä. Tulevalle tutkimukselle on monia suuntia. Menetelmän käyttämän algoritmin toteuttamista voidaan kehittää, mikä mahdollistaisi laajempien systeemien analysoimisen. Mielenkiintoinen kohde jatkotutkimukselle on tarkastella tässä työssä esitellyillä menetelmillä muita lipidisysteemejä, esimerkiksi monityydyttymättömän lipidihännän käyttäytymistä. Itsejärjestyviä karttoja voisi myös käyttää eri lipidityyppien välisten vuorovaikutusmekanismien tutkimiseen. Kohteena voisi olla esimerkiksi fosfolipidin ja kolesterolin vuorovaikutus. Mielenkiintoista olisi myös käyttää analyysistä saatuja systeemin tärkeimpiä konformaatiotiloja esittämään konformaatiovapausasteita karkeistetussa simulaatiomallissa. |
ED: | 2006-09-27 |
INSSI record number: 32420
+ add basket
INSSI