search query: @keyword Nanoteknologia / total: 7
reference: 6 / 7
« previous | next »
Author:Anttalainen, Sini
Title:Interactions between fullerols and DNA/RNA oligonucleotides
Fullerolien ja DNA/RNA oligonukleotidien väliset vuorovaikutukset
Publication type:Master's thesis
Publication year:2009
Pages:ix + 54      Language:   eng
Department/School:Informaatio- ja luonnontieteiden tiedekunta
Degree programme:Teknillisen fysiikan ja matematiikan tutkinto-ohjelma
Main subject:Lääketieteellinen tekniikka   (Tfy-99)
Supervisor:Koskelainen, Ari
Instructor:Salonen, Emppu
OEVS:
Electronic archive copy is available via Aalto Thesis Database.
Instructions

Reading digital theses in the closed network of the Aalto University Harald Herlin Learning Centre

In the closed network of Learning Centre you can read digital and digitized theses not available in the open network.

The Learning Centre contact details and opening hours: https://learningcentre.aalto.fi/en/harald-herlin-learning-centre/

You can read theses on the Learning Centre customer computers, which are available on all floors.

Logging on to the customer computers

  • Aalto University staff members log on to the customer computer using the Aalto username and password.
  • Other customers log on using a shared username and password.

Opening a thesis

  • On the desktop of the customer computers, you will find an icon titled:

    Aalto Thesis Database

  • Click on the icon to search for and open the thesis you are looking for from Aaltodoc database. You can find the thesis file by clicking the link on the OEV or OEVS field.

Reading the thesis

  • You can either print the thesis or read it on the customer computer screen.
  • You cannot save the thesis file on a flash drive or email it.
  • You cannot copy text or images from the file.
  • You cannot edit the file.

Printing the thesis

  • You can print the thesis for your personal study or research use.
  • Aalto University students and staff members may print black-and-white prints on the PrintingPoint devices when using the computer with personal Aalto username and password. Color printing is possible using the printer u90203-psc3, which is located near the customer service. Color printing is subject to a charge to Aalto University students and staff members.
  • Other customers can use the printer u90203-psc3. All printing is subject to a charge to non-University members.
Location:P1 Ark T80     | Archive
Keywords:fullerene
fullerol
nanotechnology
DNA
RNA
molecular dynamics
fullereeni
fulleroli
nanoteknologia
DNA
RNA
molekyylidynamiikka
Abstract (eng): Fullerenes are a class of spherical or ellipsoidal nanosized molecules consisting exclusively of carbon atoms.
The most common type of fullerene in nanotechnology research is C60, which is totally insoluble in water.
To increase the solubility of C60 hydrophilic functional groups such as -OH, -COOH or -NH2 can be attached on the fullerene surface.
In this work we use a water soluble fullerene derivative, fullerol C60(OH)20.

The purpose of this work is to study the interactions between fullerol and oligonucleotides, DNA and RNA, using molecular dynamics simulation method.
An understanding of the effects that fullerols have on oligonucleotides is required because fullerols are tested to be used in nanomedicine, for example drug delivery. 40 ns long atomistic molecular dynamics simulations were carried out for double- and single-stranded DNA, and two different nucleotide sequences of single-stranded RNA.
In each system oligonucleotides with a single and four fullerols were simulated.
In the results only the last 10 ns time period was analyzed because by that time the fullerols had found their place in the oligonucleotide chain.

The exact locations of fullerols in the oligonucleotide chain and how the fullerois affect to the structure of the chain were studied in this work.
It was also studied whether fullerois are more attracted by the phosphate groups or the bases of the oligonucleotides and whether the fullerois favour some bases over the others.
Abstract (fin): Fullereenit ovat pallomaisia tai ellipsin muotoisia nanokokoisia molekyylejä, jotka sisältävät ainoastaan hiiliatomeja.
Tavallisimmin nanoteknologian tutkimuksissa käytetty fullereeni on C60, joka on täysin veteen liukenematon molekyyli.
Fullereenin pinnalle voidaan kiinnittää hydrofiilisiä funktionaalisia ryhmiä, kuten -OH, -COOH or -NH2 lisäämään vesiliukoisuutta.
Tässä työssä käytämme vesiliukoista fullereenijohdannaista fullerolia C60(OH)20.

Tämän työn tarkoituksena on tutkia vesiliukoisen nanopartikkelin fullerolin ja oligonukleotidien, DNA ja RNA, välisiä vuorovaikutuksia molekyylidynamiikan menetelmää käyttäen.
Fullerolien vaikutukset oligonukleotideihin on tärkeää saada selville, koska fullerolia suunnitellaan käytettäväksi nanolääketieteessä, esimerkiksi lääkkeiden kuljetuksessa.

40 ns pituiset molekyylidynamiikkasimulaatiot ajettiin kaksi- ja yksijuosteiselle DNA:lle sekä kahdelle eri nukleotidijärjestyksen omaavalle yksijuosteiselle RNA:lle.
Jokaisessa simulaatiosysteemissä oligonukleotidejä simuloitiin yhden tai neljän fullerolin kanssa.
Tarkastelimme simulaatioista lähinnä viimeistä 10 ns:a, koska 30 ns:iin mennessä fullerolit olivat löytäneet paikkansa oligonukleotidiketjussa.

Tässä työssä tutkittiin fullerolien tarkkoja sitoutumiskohtia oligonukleotidiketjussa, ja kuinka fullerolit vaikuttavat ketjun rakenteeseen.
Tutkittiin myös ovatko fullerolit mieluummin oligonukleotidin emästen vai fosfaattiryhmien läheisyydessä, ja suosivatko fullerolit joitain emäksiä enemmän kuin toisia.
ED:2009-05-13
INSSI record number: 37404
+ add basket
« previous | next »
INSSI