search query: @keyword robustness / total: 8
reference: 5 / 8
Author: | Lindfors, Erno |
Title: | Investigating the structure of integrated biological networks |
Integroitujen biologisten verkkojen tutkiminen | |
Publication type: | Master's thesis |
Publication year: | 2005 |
Pages: | x + 61 s. + liitt. Language: eng |
Department/School: | Sähkö- ja tietoliikennetekniikan osasto |
Main subject: | Tietoverkkotekniikka (S-38) |
Supervisor: | Hollmén, Jaakko |
Instructor: | Oresic, Matej |
OEVS: | Electronic archive copy is available via Aalto Thesis Database.
Instructions Reading digital theses in the closed network of the Aalto University Harald Herlin Learning CentreIn the closed network of Learning Centre you can read digital and digitized theses not available in the open network. The Learning Centre contact details and opening hours: https://learningcentre.aalto.fi/en/harald-herlin-learning-centre/ You can read theses on the Learning Centre customer computers, which are available on all floors.
Logging on to the customer computers
Opening a thesis
Reading the thesis
Printing the thesis
|
Location: | P1 Ark TKK 2702 | Archive |
Keywords: | data visualizing and clustering robustness network topologies bioinformatics tiedon visualisointi ja klusterointi robustisuus verkkotopologiat bioinformatiikka |
Abstract (fin): | Nykyajan biologinen tieto on erittäin hajanaista. Sitä säilytetään eri tietokannoissa ja se esitetään eri formaateissa. On olemassa paljon biologisia tietokantoja hyvine visualisointityökaluineen. Tästä huolimatta on olemassa erittäin vähän työkaluja, joiden avulla tietoa pystytään hakemaan useasta tietokannasta. Tämän takia on erittäin vaikeata saada selvää kokonaiskuvaa monimutkaisesta biologisesta tiedosta. Tässä työssä kehitämme Java-sovelluksen, jonka avulla voimme hakea useasta biologisesta tietokannasta. Viimeaikaisten tutkimusten perusteella hierarkinen modulaarisuus vallitsee aineenvaihduntaverkoissa. Tämän takia ne ovat erittäin robusteja. Emme kuitenkaan tiedä miten tämä rakenne muuttuu, kun lisäämme aineenvaihduntaverkkoihin uusia biologisia verkkoja. Käytämme Sammonin projektioalgoritmia tutkiaksemme biologisten verkkojen rakennetta Leipurin hiivassa. Aluksi klusteroimme aineenvaihduntaverkkoja. Tämän jälkeen lisäämme aineenvaihduntaverkkoihin proteiini-proteiini vuorovaikutusverkkoja. Korkeilla hierarkiatasoilla tapahtuu voimakasta sekoitusta. Alemmilla hierarkiatasoilla sekoitukset ovat huomattavasti heikompia. Korkeiden ja matalien hierarkiatasojen välillä ei tapahdu ollenkaan sekoitusta. |
ED: | 2005-06-20 |
INSSI record number: 28891
+ add basket
INSSI