search query: @keyword interactive / total: 8
reference: 7 / 8
« previous | next »
Author:Taanila, Erkki
Title:Interactive Workbench for Visualization and Processing of Systems Biological Data
Ohjelmisto systeemibiologisen datan vuorovaikutteiseen havainnollistamiseen ja käsittelyyn
Publication type:Master's thesis
Publication year:2005
Pages:71      Language:   eng
Department/School:Tietotekniikan osasto
Main subject:Tietojenkäsittelyoppi   (T-76)
Supervisor:Sulonen, Reijo
Instructor:Pellikka, Tarmo
OEVS:
Electronic archive copy is available via Aalto Thesis Database.
Instructions

Reading digital theses in the closed network of the Aalto University Harald Herlin Learning Centre

In the closed network of Learning Centre you can read digital and digitized theses not available in the open network.

The Learning Centre contact details and opening hours: https://learningcentre.aalto.fi/en/harald-herlin-learning-centre/

You can read theses on the Learning Centre customer computers, which are available on all floors.

Logging on to the customer computers

  • Aalto University staff members log on to the customer computer using the Aalto username and password.
  • Other customers log on using a shared username and password.

Opening a thesis

  • On the desktop of the customer computers, you will find an icon titled:

    Aalto Thesis Database

  • Click on the icon to search for and open the thesis you are looking for from Aaltodoc database. You can find the thesis file by clicking the link on the OEV or OEVS field.

Reading the thesis

  • You can either print the thesis or read it on the customer computer screen.
  • You cannot save the thesis file on a flash drive or email it.
  • You cannot copy text or images from the file.
  • You cannot edit the file.

Printing the thesis

  • You can print the thesis for your personal study or research use.
  • Aalto University students and staff members may print black-and-white prints on the PrintingPoint devices when using the computer with personal Aalto username and password. Color printing is possible using the printer u90203-psc3, which is located near the customer service. Color printing is subject to a charge to Aalto University students and staff members.
  • Other customers can use the printer u90203-psc3. All printing is subject to a charge to non-University members.
Location:P1 Ark T80     | Archive
Keywords:systems biology
interactive
data visualization
multidimensional data
java
software architecture
implementation
evaluation
systeemibiologia
vuorovaikutteisuus
datan visualisointi
moniulotteinen data
java
ohjelmistoarkkitehtuuri
toteutus
arviointi
Abstract (fin):Interactive Workbench (IAW) on ohjelmisto systeemibiologisen datan käsittelyyn ja havainnollistamiseen.
Se on osa laajempaa systeemibiologista ohjelmistokokonaisuutta nimeltään Biomedical System (BMS).
Tämä diplomityö esittelee IAW:n suunnittelun, toteutuksen ja lopputuloksen arvioinnin.

Systeemibiologia on suhteellisen uusi tieteenala.
Se tähtää elollisen olennon, kuten ihmisen, mallintamiseen systeemitasolla.
Mallintaminen systeemitasolla tarkoittaa eksaktia mallintamista, vastaavalla tavalla kuin piirikaaviot mallintavat sähkölaitteen toimintaa.
Elollisen olennon systeemitason toiminnallisuuden ymmärtämiseen ei ole olemassa suoraa ja yksiselitteistä tapaa.
Malli pitää muodostaa epäsuorasti havainnoimalla ja mittaamalla olennon käyttäytymistä ja sen reagoimista annettuihin ärsykkeisiin.
Käytännössä tämä tarkoittaa kvantitatiivisen datan tuottamista ja analysointia.
Tämä data voi olla mittausdataa, simuloitua dataa tai näistä yhdistelemällä tai tiettyjä asioita poimimalla saatua dataa.
Tämä data on luonteeltaan moniulotteista eli jokaiseen numeeriseen arvoon liittyy useita määreitä, joita myös datan ulottuvuuksiksi kutsutaan.

Monessa tapauksessa tällaisen datan tulkinta eli datan sisältämän informaation löytäminen voi olla vaikeaa tutkijalle.
Tämä voi johtua esimerkiksi datan suuresta määrästä tai datan esitysmuodosta.
Datan esittäminen graafisessa muodossa ja datan muokkaaminen esimerkiksi vähentämällä datan ulottuvuuksia voi auttaa pääsemään käsiksi datan informaatiosisältöön.
Juuri tätä varten IAW on tarkoitettu.

Työn ensimmäinen osa on kirjallisuustutkimus, jossa pyritään löytämään IAW:lle ja sen ohjelmistoarkkitehtuurille hyödyllisiä tekniikoita ja ohjelmistosuunnitteluperiaatteita.
Lisäksi kirjallisuustutkimuksen tavoitteena on löytää ratkaisuja, joihin tätä ohjelmaa voi verrata.
Seuraava osa työstä esittelee yllä mainitun systeemibiologisen ohjelmistokokonaisuuden ja IAW:n osuuden siinä.

Seuraavaksi esitellään vaatimukset IAW:lle sekä ohjelman tekninen määrittely ja ohjelmistoarkkitehtuuri.
Näiden jälkeen on esitetty IAW:n arviointi.

Arvioinnin perusteella voidaan sanoa, että IAW toimii systeemibiologisen datan käsittelyyn sekä graafiseen havainnollistamiseen.
Verrokkiratkaisut toteuttavat kukin tietyn osan IAW:n toiminnallisuudesta.
On mahdollista, että verrokkiratkaisuja yhdistelemällä voitaisiin saavuttaa samanlainen tai parempi toiminnallisuus kuin IAW:n tarjoama.
Tämä olisi yksi mielenkiintoinen jatkotutkimuksen kohde.
IAW:n suorituskyky on riittävä analysoimaan niin suuria datakokonaisuuksia, että analyysillä on käytännön merkitystä systeemibiologiselle tutkijalle.
IAW:n tarjoama oleellinen hyöty on datan käsittelyn sekä graafisen havainnollistamisen yhdistäminen samaan ohjelmaan.
ED:2005-07-01
INSSI record number: 28976
+ add basket
« previous | next »
INSSI