search query: @keyword interactive / total: 8
reference: 7 / 8
Author: | Taanila, Erkki |
Title: | Interactive Workbench for Visualization and Processing of Systems Biological Data |
Ohjelmisto systeemibiologisen datan vuorovaikutteiseen havainnollistamiseen ja käsittelyyn | |
Publication type: | Master's thesis |
Publication year: | 2005 |
Pages: | 71 Language: eng |
Department/School: | Tietotekniikan osasto |
Main subject: | Tietojenkäsittelyoppi (T-76) |
Supervisor: | Sulonen, Reijo |
Instructor: | Pellikka, Tarmo |
OEVS: | Electronic archive copy is available via Aalto Thesis Database.
Instructions Reading digital theses in the closed network of the Aalto University Harald Herlin Learning CentreIn the closed network of Learning Centre you can read digital and digitized theses not available in the open network. The Learning Centre contact details and opening hours: https://learningcentre.aalto.fi/en/harald-herlin-learning-centre/ You can read theses on the Learning Centre customer computers, which are available on all floors.
Logging on to the customer computers
Opening a thesis
Reading the thesis
Printing the thesis
|
Location: | P1 Ark T80 | Archive |
Keywords: | systems biology interactive data visualization multidimensional data java software architecture implementation evaluation systeemibiologia vuorovaikutteisuus datan visualisointi moniulotteinen data java ohjelmistoarkkitehtuuri toteutus arviointi |
Abstract (fin): | Interactive Workbench (IAW) on ohjelmisto systeemibiologisen datan käsittelyyn ja havainnollistamiseen. Se on osa laajempaa systeemibiologista ohjelmistokokonaisuutta nimeltään Biomedical System (BMS). Tämä diplomityö esittelee IAW:n suunnittelun, toteutuksen ja lopputuloksen arvioinnin. Systeemibiologia on suhteellisen uusi tieteenala. Se tähtää elollisen olennon, kuten ihmisen, mallintamiseen systeemitasolla. Mallintaminen systeemitasolla tarkoittaa eksaktia mallintamista, vastaavalla tavalla kuin piirikaaviot mallintavat sähkölaitteen toimintaa. Elollisen olennon systeemitason toiminnallisuuden ymmärtämiseen ei ole olemassa suoraa ja yksiselitteistä tapaa. Malli pitää muodostaa epäsuorasti havainnoimalla ja mittaamalla olennon käyttäytymistä ja sen reagoimista annettuihin ärsykkeisiin. Käytännössä tämä tarkoittaa kvantitatiivisen datan tuottamista ja analysointia. Tämä data voi olla mittausdataa, simuloitua dataa tai näistä yhdistelemällä tai tiettyjä asioita poimimalla saatua dataa. Tämä data on luonteeltaan moniulotteista eli jokaiseen numeeriseen arvoon liittyy useita määreitä, joita myös datan ulottuvuuksiksi kutsutaan. Monessa tapauksessa tällaisen datan tulkinta eli datan sisältämän informaation löytäminen voi olla vaikeaa tutkijalle. Tämä voi johtua esimerkiksi datan suuresta määrästä tai datan esitysmuodosta. Datan esittäminen graafisessa muodossa ja datan muokkaaminen esimerkiksi vähentämällä datan ulottuvuuksia voi auttaa pääsemään käsiksi datan informaatiosisältöön. Juuri tätä varten IAW on tarkoitettu. Työn ensimmäinen osa on kirjallisuustutkimus, jossa pyritään löytämään IAW:lle ja sen ohjelmistoarkkitehtuurille hyödyllisiä tekniikoita ja ohjelmistosuunnitteluperiaatteita. Lisäksi kirjallisuustutkimuksen tavoitteena on löytää ratkaisuja, joihin tätä ohjelmaa voi verrata. Seuraava osa työstä esittelee yllä mainitun systeemibiologisen ohjelmistokokonaisuuden ja IAW:n osuuden siinä. Seuraavaksi esitellään vaatimukset IAW:lle sekä ohjelman tekninen määrittely ja ohjelmistoarkkitehtuuri. Näiden jälkeen on esitetty IAW:n arviointi. Arvioinnin perusteella voidaan sanoa, että IAW toimii systeemibiologisen datan käsittelyyn sekä graafiseen havainnollistamiseen. Verrokkiratkaisut toteuttavat kukin tietyn osan IAW:n toiminnallisuudesta. On mahdollista, että verrokkiratkaisuja yhdistelemällä voitaisiin saavuttaa samanlainen tai parempi toiminnallisuus kuin IAW:n tarjoama. Tämä olisi yksi mielenkiintoinen jatkotutkimuksen kohde. IAW:n suorituskyky on riittävä analysoimaan niin suuria datakokonaisuuksia, että analyysillä on käytännön merkitystä systeemibiologiselle tutkijalle. IAW:n tarjoama oleellinen hyöty on datan käsittelyn sekä graafisen havainnollistamisen yhdistäminen samaan ohjelmaan. |
ED: | 2005-07-01 |
INSSI record number: 28976
+ add basket
INSSI