haku: @keyword pattern recognition / yhteensä: 31
hakutulos-lista
viite: 8 / 31
« edellinen | seuraava »
Tekijä:Yohannes, Dawit Afework
Työn nimi:Computational Comparative Study of blood TCR repertoire: Celiac Disease patients versus Controls
Julkaisutyyppi:Diplomityö
Julkaisuvuosi:2011
Sivut:[10] + 67      Kieli:   eng
Koulu/Laitos/Osasto:Tietotekniikan laitos
Oppiaine:Tietokoneverkot   (T-110)
Valvoja:Lähdesmäki, Harri
Ohjaaja:Saavalainen, Päivi
OEVS:
Sähköinen arkistokappale on luettavissa Aalto Thesis Databasen kautta.
Ohje
sulje

Digitaalisten opinnäytteiden lukeminen Aalto-yliopiston Harald Herlin -oppimiskeskuksen suljetussa verkossa

Oppimiskeskuksen suljetussa verkossa voi lukea sellaisia digitaalisia ja digitoituja opinnäytteitä, joille ei ole saatu julkaisulupaa avoimessa verkossa.

Oppimiskeskuksen yhteystiedot ja aukioloajat: https://learningcentre.aalto.fi/fi/harald-herlin-oppimiskeskus/

Opinnäytteitä voi lukea Oppimiskeskuksen asiakaskoneilla, joita löytyy kaikista kerroksista.

Kirjautuminen asiakaskoneille

  • Aalto-yliopistolaiset kirjautuvat asiakaskoneille Aalto-tunnuksella ja salasanalla.
  • Muut asiakkaat kirjautuvat asiakaskoneille yhteistunnuksilla.

Opinnäytteen avaaminen

  • Asiakaskoneiden työpöydältä löytyy kuvake:

    Aalto Thesis Database

  • Kuvaketta klikkaamalla pääset hakemaan ja avaamaan etsimäsi opinnäytteen Aaltodoc-tietokannasta. Opinnäytetiedosto löytyy klikkaamalla viitetietojen OEV- tai OEVS-kentän linkkiä.

Opinnäytteen lukeminen

  • Opinnäytettä voi lukea asiakaskoneen ruudulta tai sen voi tulostaa paperille.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi tallentaa muistitikulle tai lähettää sähköpostilla.
  • Opinnäytetiedoston sisältöä ei voi kopioida.
  • Opinnäytetiedostoa ei voi muokata.

Opinnäytteen tulostus

  • Opinnäytteen voi tulostaa itselleen henkilökohtaiseen opiskelu- ja tutkimuskäyttöön.
  • Aalto-yliopiston opiskelijat ja henkilökunta voivat tulostaa mustavalkotulosteita Oppimiskeskuksen SecurePrint-laitteille, kun tietokoneelle kirjaudutaan omilla Aalto-tunnuksilla. Väritulostus on mahdollista asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Väritulostaminen on maksullista Aalto-yliopiston opiskelijoille ja henkilökunnalle.
  • Ulkopuoliset asiakkaat voivat tulostaa mustavalko- ja väritulosteita Oppimiskeskuksen asiakaspalvelupisteen tulostimelle u90203-psc3. Tulostaminen on maksullista.
Sijainti:P1 Ark Aalto     | Arkisto
Avainsanat:hierarchical clustering
pattern recognition
TCR repertoire
V gene usage
celiac disease
Tiivistelmä (eng): This thesis presents a combination of computational methods applied in deep sequenced, PBMC (peripheral blood mononuclear cells) T-cell receptor repertoire comparison of celiac disease patients versus healthy controls.
The objective of the study is to assess the repertoires and mine for signatures in the TCR CDR3 regions that explain the disease manifestations in celiac disease patients by identifying and defining those sequences that are enriched as a result of exposure to oral wheat gluten challenge.

Data is available from both celiac disease patients and healthy controls pre-and post-wheat gluten challenge.
In order to observe the general impact of the gluten challenge, repertoire diversity comparison has been performed across time points (before vs. after challenge) and subject wise by assigning diversity index values for each repertoire.
The repertoires do not show significant difference in diversity across time.
However, a significant overlap in sequences is seen among post-challenge samples than among pre-challenge sample sequences.

V gene usage comparisons of each sample against a baseline repertoire show our samples to have a significantly different V gene usage.
Across time point, both groups show a significant change in V gene usage distribution.
Specifically, genes V7-2, V7-3, V7-9 and V5-1 show a significantly increased usage in healthy controls post-challenge.

Enriched sequences that are found in both time points were collected from all samples.
Sequences with four fold increase post-challenge were then hierarchically clustered based on a modified normalized edit distance from each other.
Amino acid pattern (motif) search was performed for each cluster using TEIRESIAS.
The cluster with the highest mean of fold changes in enrichment is assumed to contain the most likely sequences that represent the immune response to the gluten challenge.
ED:2012-01-23
INSSI tietueen numero: 43821
+ lisää koriin
« edellinen | seuraava »
INSSI